羊近親交配易造成“兩降一高”的弊病，即：羊生產性能下降，品種退化，生長發育遲緩，產肉產毛量降低50％左右；繁殖率下降，近親交配造成怪胎、流產、化胎、死胎不斷出現；羊抗病力差、死亡率高。預防措施主要有3條：
調換種公羊
在一個羊群中的種公羊連續使用兩年，然后與其他羊群中同一品種的種公羊進行調換，降低近親交配次數。
種公羊單獨飼養
配種季節，根據血緣關系，選擇血緣關系遠的種公羊，進行人工輔助配種或人工授精。采用這種方法不僅可避免近親繁殖，而且可以控制母羊產羔時間，延長種公羊利用年限。
建立登記檔案
在羊群數量大的鄉、村，應建立羊人工授精站并建立檔案制度，包括種公母羊卡片、母羊繁殖登記表、羔羊登記表及后代測定記錄表等。有了這一檔案，血緣關系就清楚了，就可以有計劃地選種選配，避免近親繁殖。