野生環境下的小龍蝦適應力和抗病力都比較強，但隨著小龍蝦的高度養殖，以及投餌增多、排泄增多導致水體環境的惡化，小龍蝦養殖中的多種病害也隨之發生，主要有病毒性疾病、細菌性疾病、真菌性疾病、寄生蟲病以及水環境不良和敵害等引起的病害。
由于小龍蝦患病初期不易發現，一旦發現，病情就已經不輕，用藥治療作用較小，疾病不能及時治愈，導致大批死亡而使養殖者陷入困境。所以防治小龍蝦疾病要采取“預防為主、防重于治、全面預防、積極治療”等措施，控制蝦病的發生和蔓延。具體要做好下面幾項工作:
一、做好清塘改底工作
清塘物品：生石灰、含氯石灰和茶粕等產品
1.生石灰清塘：水深0.3~1米,畝用生石灰100~150千克,兌水500倍全池均勻潑灑。
2.含氯石灰清塘：水深0.3~0.5米,畝用含氯石灰10~20千克,兌水500倍全池均勻潑灑。
3.茶籽餅清塘：水深0.3~0.5米,畝用茶籽餅10~15千克,浸泡10小時后,兌水500倍全池均勻潑灑。
二、嚴格控制密度
池塘精養：一般可畝放養3厘米的蝦苗6000-8000尾，最多不能超過10000尾。
稻田養殖：在4~5月畝 放養3厘米左右的蝦苗2000~3000尾，或畝放養規格較大的幼蝦20~25千克。
三、保證飼料品質
投喂的飼料要新鮮，不投腐敗變質的飼料。在配合飼料中，可添加微生物制劑、電解多維、蝦蟹保肝寧等免疫劑同時投喂。
四、做好調水工作
“養蝦先養水，好水養好蝦。”做好水環境的調節工作。勤施肥、勤改底、勤培水。建議每半個月施用1次調水制劑或者養水專家等微生物制劑，中途交叉使用改底產品，保持水環境的優良。同時，按計劃種植好水草，保護好移栽的水草，水草種植面積占養殖水面的20%以上。
五、加強巡塘工作
1.檢查四周的防逃設施，如有破損應及時修補;
2.在進、排水口應設置柵欄或網片，嚴防淡水小龍蝦逃逸和敵害生物進入;
3.人工設置好適宜小龍蝦休息的環境條件,包括澗溝、埂、隱蔽遮陰物等。
做到勤巡查、勤施肥、勤培水,發現異常情況及時予以解決。
養殖小龍蝦切記，一定要把預防放在95%的精力上，重預防，而不是“亡羊補牢”。