在小龍蝦疾病防治或水質改良過程中，為避免藥害事故發生，選擇藥物時應嚴禁使用有機磷類(如敵百蟲、辛硫磷等)、菊酯類(如氯氰菊酯、氰戊菊酯等)殺蟲劑，在小龍蝦的繁殖期間禁止使用阿維菌素、伊維菌素等殺螨劑，以防對受精卵孵化產生不良影響;同時盡量避免使用小龍蝦耐受力低的藥物如溴氯海因等。常用的小龍蝦疾病防治藥物如下：
類別產品名主要用途
殺蟲劑硫酸鋅粉防治小龍蝦固著類纖毛蟲病
殺菌劑精品一元笑防治小龍蝦病毒性、細菌性及真菌性疾病
聚維酮碘溶液
頂典
鱖魚康
苯扎溴銨溶液防治小龍蝦細菌性疾病如黑鰓、爛鰓、甲殼潰瘍等
濃戊二醛溶液
水質改良劑水立爽降低養殖水體化學耗氧量，增加水體溶氧，降解氨態氮、亞硝態氮，促進養殖水體氮循環，改良水質與底質。
底立爽
中博高
中博金珠
氨凈降解養殖水體氨態氮，改良水質
藻神培草、解毒
活力66分解養殖水體有機污物，促進養殖水體氮循環
雙效粒粒底改素
葡聚糖包膜維C提高小龍蝦抗應激力
口服制劑服爾康口服治療小龍蝦細菌性疾病
恩諾沙星粉
鹽酸多西環素
肝膽利康散保肝護肝，防治小龍蝦肝損傷
艾能提高小龍蝦免疫、抗病力，促進小龍蝦生長
酶合電解多維平衡與補充小龍蝦必需維生素，提高小龍蝦抗應激力