底質好，水質自然好；水質好，底質不一定好。健康養殖是從綜合調控底質與水體水質開始的，底質和水質的好壞直接關系到養殖魚類能否健康生長。不良環境是養殖魚類發病的主要因素，致使底質改良為中心的水質管理已成為當今養殖的核心技術。所以底質和水質的好壞是養殖成功與否的關鍵所在。
底質惡化的原因。隨著水產養殖密度的不斷增大，以消耗大量高蛋白飼料及污染池塘自身和周邊環境為代價來維持生產的養殖模式，破壞了池塘原有的生態平衡；加上養殖戶為了防治魚病，大量使用殺蟲劑、消毒劑、抗生素等藥物，甚至農藥魚用，并且用藥劑量越來越高。這樣，在養殖過程中，養殖殘餌、糞便、死亡動（植）物尸體和殺蟲劑、消毒劑、抗生素等化學物在池底沉積，形成黑色污泥，污泥中含有豐富的有機質，厭氧微生物占主導地位，嚴重破壞了底質的微生態環境，導致各種有毒有害物質惡化底質，從而危害養殖魚類。
底質與魚病的關聯。在淤泥較多的池塘中，有機質的氧化分解會消耗掉底層本來并不多的氧氣，造成底部處于缺氧狀態，形成所謂的“氧債”.在缺氧條件下，嫌氣性細菌大量繁殖，分解池塘底部的有機物質而產生大量有毒的中間產物，如NH3、NO2-、H2S、CH4、有機酸、低級胺類、硫醇等。這些物質大都對養殖魚類有著很大的毒害作用，并且會在水中不斷積累，輕則會影響魚類的生長，餌料系數增大，養殖成本升高。其中NH3、NO2-、H2S都能引起魚類的暗浮，NH3含量高時，還會導致各種魚類的擬出血病；NO2-易誘發草魚出血病，也會提高魚類對細菌性疾病的易感性，重則引起中毒死亡或泛塘，造成巨大損失。分解產生的有機酸和無機酸，使底質酸化，pH值明顯下降。當pH值超過適宜限度時，將影響魚體呼吸，造成新陳代謝下降，生長發育停滯等一系列異常變化。過酸的水還能刺激魚類的鰓和皮膚的感覺神經末梢，反射性地影響呼吸運動，使養殖魚類從水中攝氧能力減弱，從而導致各種疾病。另一方面，當底質惡化，有害菌會大量繁殖，水中有害菌的數量達到閥值（106cfu/ml）時，養殖動物可能發病。如：由嗜水氣單胞菌引起的潰爛病、熒光假單胞菌引起的赤皮病、點狀氣單胞菌引起的腸炎病和打印病等。
底質與水質的關聯。底質的好壞直接影響水質的好壞，水質的好壞是底質的表現形式。水體中藻類的繁殖所需要的營養一部分來源于底泥緩慢釋放。藻類的生長不僅需要N、P等營養，而且需要Ca 、Mg、Fe、Mn、有機酸等微量營養。而在有機質含量高的池塘，底質酸化嚴重，Ca、Mg、Fe、Mn等微量元素以不溶性鹽的形式沉積于底泥難以釋放，導致營養失衡；當優勢藻類被抑制后，水體生態平衡極易破壞，寄生蟲、輪蟲等大量繁殖和藍藻、甲藻等劣勢藻類繁殖過盛，惡化水質。
底質改良的意義。大量的研究與生產實踐證明，池塘淤泥增多，底質惡化是造成池塘底部“氧債”升高，pH值失衡，有毒物質和有害物質增加的罪魁禍首，是造成整個養殖水體水質污染的重要原因。同時，底質惡化也給養殖魚類帶來的各種各樣難治的疾病，導致養殖產量上不去，養殖成本增加。池塘環境中，除水源外，底質是影響水質的主要因素，一般新開魚塘較少發病就是這個原因。
如何改良底質。以有機物的多少來劃分底質有：底瘦和底肥。
底瘦的池塘通常是新塘或清淤翻曬過的養殖池塘，池塘底部有機質少，微生態環境脆弱，不利于微生物的生長繁殖。
底瘦、水瘦的池塘，藻類數量少，餌料生物缺乏，溶氧量往往比較低，水體易出現渾濁或清水。針對這種情況，如果大量浮游動物出現，使用“神威”局部殺滅浮游動物。可施“富藻素”和“活力菌素”,補充底部和水體的營養物質，調節底部菌群平衡，建立有利于水質的微生物群落。渾濁的水體，應先用“凈水保”處理，并在肥水同時連續使用增氧產品2-3晚，保證肥水過程中水體溶氧充足。
底瘦、水肥的池塘，活物餌料豐富，藻類數量多，水體的溶氧豐富。底部供應的營養不足，這樣的水質難以維持，容易出現倒藻。可施用“魚壯圓”和“百露匯”補充底部營養和有益菌群的數量。
底肥的池塘，淤泥特別多，有機質相當豐富；同時，底瘦的養殖池塘隨養殖過程的進行，殘餌、糞便、動（植）物尸體等會越積越多，形成淤泥變成底肥的池塘。
底肥、水肥的池塘，水體粘稠物質多，自凈能力差，底層溶氧不足，底泥易發臭。先使用“凈水保”凈化水質或開增氧機，提高底泥的氧化還原電位。促進有益菌的繁殖，水肥的池塘要防止盲目用藥，改用降解型底質改良劑代替吸附性底質改良劑。可施用“活力菌素”和“底居寧”定向培養有益藻類防止水體老化。
底肥、水瘦的池塘，水體營養不足，藻類生長受限制，水體溶氧量低，底層易出現“氧債”,敵害微生物易繁殖。這種情況，需要底層沖氣，提高底泥的氧化還原電位，可施“活水保”促進有益菌的生長繁殖，同時施“碧水寧”+“培水解毒降氨寧” 調節水質，降解水體中的毒素，提供豐富的營養，培養有益藻類。防止盲目使用殺蟲劑、消毒劑。目前，用于改良水質底質的產品主要有“底福安Ⅱ”、“底居寧”、“底居氧”、“亞硝凈”、“凈水保”、“培水解毒降氨寧”、“水質保護解毒劑”、“活水底凈保”等。
總的來說，養魚先養水，養水先改底，改良底質才是根本。從池塘底部入手，合理使用底改產品，有效并持久維護好水質，不僅預防魚病，還可以增產增收。