在水稻生長發育的不同階段，其需水量是在變化的;稻田水量多，水位保持時間長，對小龍蝦的生長是有益的，但對水稻生長卻不利。稻田養殖小龍蝦，水稻需水和養蝦需水是一對主要矛盾。所以，做好水位調節是稻田養殖小龍蝦的重要一環。
1、在小龍蝦放養初期，田水宜淺，可保持在15厘米左右，隨著小龍蝦的不斷長大和水稻的抽穗、揚花、灌漿，兩者均需要大量的水，可將田水逐漸加深到30～35厘米。
2、在水稻有效分蘗期采取淺灌，保證水稻的正常生長。
3、在水稻無效分蘗期，水位可調節至30厘米，既可促進水稻的增產，又可增加小龍蝦的活動空間。
4、水稻烤田要輕烤或短烤，烤田時使蝦溝內的水位保持在低于大田表面15厘米即可，確保大田中間不陷腳，田邊表土不裂縫和發白，以水稻浮根泛白為適度。烤田結束后，立即恢復原水位。