孵化室的環境衛生是非常重要的，如果環境不好會直接降低雛雞出殼率。尤其是在消毒這方面最重要。
孵化室每天用消毒藥液噴灑地面一次，每次出雞前對孵化室四壁、棚頂、孵化器、出雛器外殼及頂部用0.3%百毒殺進行一次噴霧消毒。
裝雛盤、箱每次使用前用熏蒸消毒法消毒。工作人員講究個人衛生，室內必須穿戴工作服，出入更換，腳踏消毒池;孵化室每出完一批雛必須將室內所有器具進行徹底沖洗、藥液浸泡、擦拭干凈，干燥后熏蒸消毒;每次入孵、照蛋、落盤、掃盤后遺留下來的蛋殼、破損蛋、蛋內容物要盡快清除并無害化處理。孵化室謝絕參觀。