系譜孵化就是指在選中后必須組成家系親本，在進行孵化。該孵化方法比較簡單，養殖戶可以按自己養殖情況進行選擇使用。
選種后每只中選公雞要按一定的公母比例與中選母雞組成家系親本，公雞均采用個體輸精，以確保系譜的準確性。若種雞為籠養，則需采取人工授精的方法;若種雞平養，則常用育種小間繁殖，每個小間飼養一只公雞及所有與配母雞。
留種期間，每枚種蛋上都必須標明所屬家系(父親)及母雞號(用鉛筆標在蛋的兩頭)，然后進行系譜孵化。系譜孵化的關鍵是出雛期，應將每個全同胞家系(每個母雞)的種蛋集中到一個出雛籠或出雛袋內集中出雛，不同家系以及不同母雞的種蛋必須徹底隔離開，只有這樣才能搞清雛雞的來源，保證個體標記及建立的系譜的準確性。當然，由于育種目標或育種階段的不同，系譜孵化的標記內容和側重點也應有所不同。