孵化場可以使用的通風系統有多種，養殖戶還需根據自己的實際養殖情況和經濟能力進行選擇合理的通風系統。
通風換氣系統的設計和安裝不僅要考慮為室內提供新鮮空氣和排出二氧化碳、硫化氫及其他有害氣體，同時還要把溫度和濕度協調好，不能顧此失彼。因各室的情況不同，最好各室單獨通風，將廢氣排出室外。至少孵化室與出雛室應各設一套單獨通風系統，溫、濕度及通風的相關技術參數。為減少空氣污染，出雛室的廢氣排出之前，應先通過帶有消毒劑的水箱后再排出室外。否則帶菌的絨毛污染空氣散布孵化車間和其他各處，造成大面積的嚴重污染。據試驗，通過有消毒液的水箱過濾后，可消滅氣體中99%的病原微生物，大幅度提高空氣的純潔度，進而提高孵化率和雛禽品質。