菌糠具有松軟、氣味芳香、適口性好、營養價值明顯提高的優點，被養殖生產中逐漸應用，成為開辟飼料來源的新途經。菌糠飼料雖然飼喂效果有差異，但總的說來，通過科學配方，菌糠飼料代替部分麥麩飼喂畜禽，既不影響畜禽的生產性能，還可降低飼養成本，提高養殖的經濟效益。
1.平菇、鳳尾菇菌糠飼料
1.1 研究表明，利用棉籽殼栽培鳳尾菇，菌糠中的粗蛋白從種菇前的5.65%增加到7.9%，粗纖維從種菇前的51.45%減少到9.32%;脂肪略有增加;還原糠從2.1%增加到3.9%，總糠從19.8%增加到25.2%。以棉籽殼栽培平菇后，菌糠中粗蛋白比純棉籽殼增加9.30%、無氨浸出物增加 9.74%、鈣增加59.26%，粗纖維含量則降低17.37%。以稻草栽培鳳尾菇，每百千克干物質中：17.56%～26%轉化為子實體，18.91%～42.27%變為熱能消耗，則還有40.17%～55.08%約近一半左右留在料中。分析平菇、鳳尾菇菌糠中的營養狀況，為綜合利用這些資源提供了理論依據。
1.2據有關報道，在每千克含消化能2.762千卡，粗蛋白14.78%，可消化粗蛋白113 克的生長肉豬配合飼料中，以45%的平菇菌糠代替等量麩皮，進行比較飼養，菌糠組平均增重60.4 克，日增重504 克，分別比麩皮組提高13.96%和14.03%。
1.3用菌糠養豬，每增重1千克，養豬成本下降35%;菌糠飼料喂豬，平均每頭豬可節約糧食75 千克左右，節約成本50元。凡投料2000千克的食用菌專業戶，可得菌糠約650千克，可供養3頭肥豬，僅此一項可增產值1200多元。
2.金針菇菌糠飼料
用棉籽殼栽培金針菇后，其菌糠能滿足生豬生長發育需要，很適合飼養瘦肉型生豬，使生豬增重率達30%～70%，且肉質好。
3.香菇菌糠飼料
香菇菌糠含粗蛋白8.76%、粗脂肪0.62%、粗纖維30.0%、灰分7.93%。每千克菌糠中含鈣10.86 克、磷3.6克、鉀4.04 克、鈉8.7 克、銅0.0049克、鎂1.58 克、鐵0.69克、鋅0.06克、錳0.0774 克。對菌糠進行科學地配方，可喂養豬、雞、鴨、鵝，使雞、鴨等家禽，產蛋率提高10%～15%。
3.1 香菇菌糠的制作方法
將采收完香菇的菌筒，進行認真挑選,除去感染雜菌、粘附污泥、被白蟻侵食及養料嚴重消耗的菌袋，對轉色不好，菌筒上菌皮過厚的應用刀刮去表層再用。對挑選出來的菌筒，用人工或粉碎機進行粉碎，經曬干后密封備用。
3.2利用香菇菌糠喂豬
其喂養量要逐步調整，由少到多，使豬有一個適應的過程。在開始的10～15天，菌糠的用量在日糧中比例占5%～8%，以后逐漸增加，最高飼料以下不超過 20%為宜。也可以視飼喂對象而有所不同：20千克以下的仔豬，菌糠用量為8%～12%;30千克以上架子豬，加入量為15%～20%。
3.3香菇菌糠喂長毛兔
以甘蔗渣78%、米糠20%、糠1%和石膏l%為培養料栽培香菇后，把菌糠曬干、打碎，喂養斷奶的幼兔，以等量麩皮作對照，喂菌糖飼料組毛長增加，體重增加，可代替作部分精料、作添加劑使用。
4.香菇菌皮飼料
香菇菌皮含蛋白質12.62%、粗纖維18.3%、磷0.23%、鎢0.57%、總氨基酸9.25%、必需氨基酸4.43%。較一般常規飼料營養豐富。試驗表明，用香菇菌皮作飼料添加劑，對提高豬的瘦肉率有很好作用。
5.滑菇菌糠
以木屑和米糠為主料栽種滑菇、金針菇后，所得菌糠量分別是其各自產菇量6倍和5倍。用菌糠作雞飼料添加劑時，用于蛋用雞時的添加量約為新鮮菌糠的 2%～3%：用于肉用雞飼喂時，約用5%～10%的新鮮菌糠。收集菌糠可以用青貯或風干貯存，現配現飼喂，約在2～3天將一批料用完。
6.蘑菇菌糠飼料
經測定蘑菇菌糠含粗蛋白10.92%，精蛋白9.93%，粗脂肪14%、精纖維3.25%，其余各種營養成分均超過谷物統糠。蘑菇菌糠的處理及喂豬方法：除去菌糠中的雜菌和土粒，滲入65%的青飼料、0.5%食鹽水加水拌勻直接喂養生豬：也可以將菌糠及時下床，去掉土層和雜菌，于干燥處按一層菌糠，撒一層 0.5%食鹽堆積并加蓋薄膜，臨喂時，取出菌糠與青飼料拌合即可投入喂養;還可以將菌糠曬干、粉碎加拌青飼料和食鹽稀釋喂豬。飼喂時，先進行豬的適口性訓練，待習慣后，逐漸增加菌糠用量。夏季用菌糠喂豬，能加快育肥，縮短存欄期，提高養豬的經濟效益。