一、腎毒性 主要損害近曲小管上皮細胞，出現蛋白尿、管型尿、紅細胞，嚴重時出現腎功能減退，其損害程度與劑量大小即療程長短成比例。慶大霉素的發生率較高。由于氨基糖苷類主要從尿中排除，為避免藥物積聚，損害腎小管，應給患畜足量飲水。腎臟損害常使血藥濃度增高，易誘發耳毒性癥狀。
二、耳毒性 可表現為前庭功能失調即耳蝸神經損害。兩者可同時發生，亦可出現其中的一種反應。但前者多見于鏈霉素、慶大霉素等，而后者多見于新霉素、卡那霉素、阿米卡星等。耳毒性的發生機制尚未完全闡明，多認為與內耳淋巴液中藥物濃度持久升高，損害內耳柯蒂器的毛細胞有關。早期的變化可逆，超過一定程度則變化不可逆。貓對氨基糖苷類的前庭效應極為敏感。由于氨基糖苷類能透過胎盤，進入胎兒體內，故孕畜注射本類藥物可能引起新生畜的聽覺受損或產生腎毒性。對某些需有敏捷聽覺的犬應慎用。
三、神經肌肉阻滯 本類藥物可抑制乙酰膽堿的釋放，并與Ca離子絡合，促進神經肌肉接頭的阻滯作用。其癥狀為心肌抑制和呼吸衰竭，以新霉素、鏈霉素和卡那霉素較多發生。可靜脈注射新斯的明和鈣制劑對抗。
四、內服可能損害腸壁茸毛器官而影響腸道對脂肪、蛋白質、糖、鐵等的吸收。亦可引起腸道菌群失調，發生厭氧菌或真菌的二重感染，動物中兔易發，忌用。皮膚粘膜感染時的局部應用易引起對該藥的過敏反應和耐藥菌的產生，宜慎用。