很多蘇格蘭折耳貓在誕生后就體質虛弱，這些貓咪的體型和體重只有正常貓咪的三分之二大小，而且在日常生活中更容易感染貓瘟、皮膚病、寄生蟲病、皮膚炎、腸胃炎等等疾病。由于生活環境的一點點變化，都會導致蘇格蘭折耳貓出現發病的情況，而且治愈的過程可能會更加的漫長。
另外，心肌肥大癥也是常見于折耳貓身上的遺傳病之一，這種疾病一般很難被人發現，直到貓咪出現病發癥時，主人才會恍然大悟，但是貓咪已經有生命的危險，而且需要終生服藥，來控制病情，而且隨時會有生命的危險。
蘇格蘭折耳貓最為常見的遺傳病要屬軟骨骨質化發育異常，同時還會伴隨呼吸系統毛病的并發癥。患有軟骨骨質化發育異常的折耳貓，尾巴會變的又粗又短、僵硬、不能屈曲，而且不能隨意擺動;貓咪的后肢會明顯的短小，而且不能正常的彎曲，出現增生物或腫塊，四肢的關節出現腫脹的現象等等。同時骨骼病變的基因也會影響身體其他部分軟骨組織發育異常。而最為常見的就是出現呼吸管道收窄引起呼吸不順暢，需要進行手術來治療。