休藥期。使用抗球蟲添加劑，不論是化學合成藥物，還是聚醚類抗生素，在雞體內都有一定的殘留量。這些殘留的藥物對人體的健康有一定的危害性。因此應有一定的休藥期，以降低藥物在雞體內的殘留。一般在肉雞上市前的幾天和蛋雞的產蛋期都應停藥，以保證肉蛋產品符合有關衛生標準，維護人們的健康。
持續使用。由于球蟲卵囊有較強的生命力，在潮濕的土壤中能生存1年以上，雞的整個生長過程都可能感染。因此，使用抗球蟲添加劑應持續使用，不能隨意中斷，否則可能暴發球蟲病，造成損失。
使用劑量。使用劑量過小，起不到應有的預防效果，反而易使球蟲產生耐藥性以至暴發球蟲病，過量使用則可能產生不良作用，甚至中毒死亡。特別是聚醚類抗生素使用劑量的安全范圍較窄，例如，馬杜拉霉素的常用劑量是5~6毫克/千克，超過6毫克/千克就對雞的生長有明顯的抑制作用，飼料利用率下降，因此，掌握好使用劑量是應用抗球蟲添加劑的一個關鍵。
注意使用禁忌。鹽霉素、莫能菌素、拉沙鈉菌素、氨丙啉、常山酮、尼卡巴嗪等藥物之間有配伍禁忌，這些藥物不能兩種或兩種以上同時使用;鹽霉素、莫能菌素也不能與泰樂菌素、泰妙菌素和竹桃霉素同時使用，否則能引起生長抑制，甚至中毒死亡;氨丙啉與維生素B1有明顯的拮抗作用，也應引起注意，以免降低藥物效果。
混合均勻性。由于抗球蟲藥物的用量都較少，因此最好能經過兩次以上的預混后再使用，以確保較好的混合均勻度，保證藥物穩定地發揮作用效果，并避免因混合不均勻而造成的藥物中毒。