目前尚未找到理想的解決方法，解決上述種種問題是一項系統工程，需作長期不懈的努力，要綜合考慮各方面的因素，因地制宜，綜合治理。
加強宣傳教育，提高全民的環保意識。人的因素是最根本的，只有人們都認識到問題的嚴重性，才能從根本上解決問題。因此，要加強環保意識的宣傳教育，加強對從事養殖業的工作人員進行專業培訓和考核。
加強立法，避免發生“先污染后治理”現象。從養殖場的興建到日常生產，制定嚴格而細致的規則，首先對新建養殖場的選址，必須嚴格執行禁建區政策，必須考慮周圍環境(農田、魚塘、果園)對糞污的消納能力以及養殖場的糞污處理設施。養殖場應遠離居民區(5km以上)和公路(200m以上)，既減少養殖場對居民環境的污染，也減少居民活動對養殖場的干擾。其次要求養殖場必須進行污染治理，否則不允許繼續經營。
采用“干清糞”工藝減少沖洗用水。用水沖洗豬舍顯然省時、省力又衛生，但糞、尿和水混合后造成后處理量大而復雜，須經過沉淀、過濾，反而事倍功半，并且浪費寶貴的水資源。實驗表明采用水沖糞和干清糞不同的清糞工藝，每頭豬的年均用水量分別為35～40t、10～15t。因此，應提倡推廣干清糞工藝，即糞尿分離，及時清糞，既有利于糞污處理，又可減輕對豬體本身的污染以及臭氣的散發。
完善工藝流程，加強科學管理養殖場的能源環境工程。必須依據《畜禽養殖業能源環保站設計規范》的要求做好前處理、厭氧處理和后處理的設計和施工，工藝要精良，技術要先進，容量要配套，管理要科學，還要特別注意發揮前處理投資省、效果好、管理方便的作用。