為了減少禽舍中的有害病原菌，必須嚴格按照下列程序進行清潔和消毒，因為雞舍是雞群的主要的生活環境，雞舍環境的衛生是保證雞群正常生長發育的保障，做好雞舍消毒是雞舍環境衛生比較重要的一條，4步走，給雞舍徹底消毒。
一、清掃
雞出欄后，將雞糞、墊料、頂棚灰塵等清掃出舍，可移動的設備和用具也要搬出雞舍，并在指定地點曝曬、清洗和消毒。然后對雞舍地面墻壁、頂棚及附屬設施的灰塵、糞便、墊料、飼料、羽毛等一一清掃。為防止病原體擴散，應適當噴灑消毒液。對不易清洗干凈的裂縫、椽子背面、排氣孔口等地方，都要一處不漏地徹底清掃干凈。
二、水洗
在清掃的基礎上進行水洗。要使消毒藥液發揮效力，徹底刷洗干凈是有效消毒的前提。所以，地面上的污物經水浸泡軟化后，應用硬刷刷洗，如能采用動力噴水泵以高壓沖刷更好。墻壁、門窗及固定的設備用水洗與手刷，將污物刷凈。如果雞舍排出水設施不完善，應在一開始就用消毒液清洗消毒，同時對被清洗的雞舍周圍亦要噴灑消毒藥。
三、干燥
一般在水洗干凈后擱置1天左右使舍內干燥，如果水洗后立即噴灑消毒藥液，其濃度易被消毒面的殘留水滴所稀釋，降低消毒效果。
四、消毒
①焚燒。用火焰噴射器對雞舍的墻壁、地面、籠具等不怕燃燒的物品進行火焰消毒，特別是殘存的羽毛、皮屑和糞便。②甲醛熏蒸。關閉門窗和風機，按每立方米空間用甲醛42毫升，高錳酸鉀21克對雞舍進行熏蒸。③噴消毒液。消毒液的噴灑次序應該由上而下，先房頂、天花板，后墻壁、固定設施，最后是地面，不能漏掉有遮擋的部位。常用的消毒藥有0.3%的過氧乙酸、3%的燒堿、3%的來蘇爾等。消毒藥液的濃度是決定殺滅病毒、細菌能力的首要因素，因此必須按規定的濃度使用。注意雞舍角落及物體背面，其噴灑量至少是每平方米2～3毫升。消毒后，最好空舍2～3周。
搜牧小編提示以上所述的四個步驟是給雞舍徹底消毒比較常見的消毒方法，供大家參考采用。