在雞舍中避免不了有微生物和灰塵的存在，如果雞吸入這些微生物侵入黏膜便會引起多種疾病。病原微生物附著在灰塵上對雞群造成的傳染叫灰塵傳染，附著在微小水滴上所造成的傳染叫飛沫傳染。在自然界以灰塵傳染多，舍內則以飛沫傳染為主。影響雞舍內空氣中微生物數量的主要因素為：雞群的飼養方式、飼養密度、飼料飼喂形式、照明制度，是否使用墊草以及厚度等。如雞舍內濕度較大，灰塵較多，空氣流動較慢，就會造成微生物含量較多。
為減少舍內微生物數量，防止傳染病的傳播。需要建立嚴密的防疫制度，并把防疫工作放在首位;雞場盡可能采用“全進一全出”制，定期清掃，沖洗和消毒;日常管理中注意通風，減少舍內灰塵和水汽以及有害氣體;及時清糞和排出污水，不使其在舍內有分解機會。 一般認為，雞舍每立方米空氣中微生物不應高于25萬～30萬個;籠養雛雞每立方米空氣中微生物總數為13萬個時，其中大腸桿菌群超過1.5%，可引起臨床大腸桿菌病，必須采取預防措施