通過對雞舍及設備的清洗和消毒，可以清除雞舍及設備上的病原微生物，切斷各種病原微生物的傳播鏈，以確保上一群雞不對下一群雞造成健康和生產性能上的垂直影響。
清洗和消毒程序
程序的制定： 雞舍的清理、沖洗及消毒工作是一項復雜的系統工程，在種雞淘汰前，要制定一個科學、合理的清理、沖洗及消毒程序。制定程序時，一定要因地制宜，既全面、細致，又要考慮重點;既考慮集中性工作，又要考慮交叉性工作;盡可能減少重復性勞動，盡量避免交叉感染，最大限度減少設備的損壞和丟失。并根據任務的期限、人員的數量、工具的特性等科學、合理地安排整個清理、沖洗及消毒過程。
程序的實施
控制昆蟲： 昆蟲是疾病重要的傳播媒介，必須在其移居于木制品或其它物品之前，將其殺滅。當種雞淘汰后，這時雞舍還較溫暖，應該立即在墊料、雞舍設備和雞舍墻壁的表面噴灑殺蟲劑;或者選擇在種雞淘汰前兩周在雞舍使用殺蟲劑。第二次使用殺蟲劑應在熏蒸消毒前進行。
清掃灰塵： 所有的灰塵、碎屑和蜘蛛網必須從風機軸、房梁、開放式雞舍卷簾內側、雞舍內的凸處和墻角上清掃掉。最好用掃帚掃掉，這樣灰塵降落到墊料上。
預加濕： 在清理墊料和移出設備之前，應該對雞舍內部從雞舍頂部到地面用便攜式低壓噴霧器噴灑消毒劑，從而使塵埃潮濕沉降下來。在開放式雞舍，應先封閉卷簾。
移出設備： 所有的設備和設施(飲水器、料槽、棲息桿、產蛋箱、分隔欄等)應從雞舍內移出(注意，在移出產蛋箱之前，應事先將蛋窩內的墊料掏盡)，并放在舍外的混凝土地面上。而不應把自動集蛋設施或雞舍不易移動的設備移到雞舍外。拆走溫控器、時間控制器、電壓調節器、風機電機、電燈泡等不易或不能沖洗消毒的物品，由專人(如電工)進行除塵、維護保養以及薰蒸消毒等，并放入指定的庫房進行隔離保管。
清除雞舍內糞便和墊料： 清除雞舍內所有的糞便、墊料和碎屑，拖車和垃圾車在移出雞舍前要遮蓋好，以免灰塵和碎屑在舍外被風吹的四處飄散，污染場區;離開雞舍時，車輪必須擦刷干凈并消毒。每清完一棟雞舍都要安排人員鏟刮棚架上、雞舍邊角以及其它表面所積累的糞便;并將該棟殘留的雞糞認真清掃干凈，同時，還要將雞舍周圍及其糞道撒落的雞糞也認真清掃干凈。糞便和墊料必須運往遠離雞場的地方，按當地規定進行處理。
雞舍內外的清洗： 必須首先斷開雞舍內所有電器設備的開關。用含有發泡劑的水通過高壓水槍沖洗，以清除殘留在雞舍和設備上的灰塵和碎屑。然后用含清洗劑的水進行擦洗。最后用有壓力的水沖干凈。在沖洗過程中，應迅速把雞舍內剩余的水排凈。所有移到雞舍外的設備必須浸泡和沖洗。在設備沖洗干凈后，設備應在有遮蓋物的條件下儲存。應特別注意雞舍內以下幾個部分的沖洗：風機框、風機軸、風機扇葉、通風設備的支架、屋梁的頂部、各種支架、水管等。雞舍外面也必須沖洗干凈并注意：進氣口、排水溝、水泥路面等部分的沖洗。為了確保難以接近的地方能沖洗干凈，可以使用輕便梯和手提式便攜燈。在開放式雞舍，卷簾內側和外側都必須沖洗干凈。任何不能沖洗的物品(如聚乙烯制品、紙板等)都必須銷毀。
飲水系統清洗： 排干水箱和水管內所有的水，用清水沖刷水線。清除水箱內的污物和水垢，并把這些物質排到雞舍外。在水箱內重新加入清水和水清潔劑。把含有清潔劑的水從水箱輸入到水線內。但注意不要出現氣阻現象。水箱內含清潔劑的水要保證適當的高度，這樣可以保證水管內的水有適當的壓力。更換水箱水時，要讓清潔劑在水箱內最少保留4小時。用清水沖刷并把水排掉。在進雞前重新加入清水。水管內易形成水垢，因此應經常進行處理，以避免影響水的流速和造成細菌污染。水垢和細菌中的脂肪多聚糖易形成苔蘚。水管所使用的材料，將影響到水垢形成的多少。例如：塑料水管和水箱，由于存在靜電特性從而易于細菌吸附，在飲水中使用維生素和礦物質易于形成水垢和其它物質的聚合。用物理方法很難去掉水管內的水垢，在兩批雞之間使用高濃度的次氯酸鈉或過氧化氫附和物可以溶解水管內的水垢。這需要在小雞飲水前把水管內的水垢徹底沖刷干凈。如果當地水中礦物質(特別是鈣或鐵)含量很高，在清洗中需要加一些酸，以便去除水垢。金屬水管也可采用同樣的清洗辦法。但有時水管腐蝕易造成漏水，在對飲水系統進行處理前，應考慮水中礦物質含量。