引起雞只消化不良的原因主要有管理不善、疫病、寄生蟲以及雞只自身原因等。因此，治療時要注意分析消化不良的原因，對癥治療。
如果是管理不善，飼料原料不新鮮，或者環境衛生不合格。就要從這些方面入手，逐步改正，如果已經發生消化不良，可用些酵母粉、碳酸氫鈉等，降低飼料能量和蛋白質，也可以添加促進消化的藥物。
如果是寄生蟲因為的消化不良，如果有條件，應該先分析是哪一種寄生蟲，確診后在選擇藥物治療。一般情況下，發生球蟲的幾率要大一些，尤其是雞只與糞便接觸的養殖場。在治療寄生蟲病時，要輔以抗菌消炎藥、止血鎮痛藥。病情穩定后，可以加入活性菌，調理好腸道的菌群。
如果是病毒或細菌感染引起的腸道疾病，而引發的消化不良，首先要使用抗菌消炎或病毒藥物，同時，添加健胃健脾消食的藥物。生產中常用的抗病毒藥物有利巴韋林，抗菌藥物有阿莫西林，保健藥物有黃芪多糖、靈芝多糖等。