熏蒸消毒是禽舍常用和有效的一種消毒方法。其最大優點是熏蒸藥物能均勻地分布到禽舍的各個角落，消毒全面徹底，省事省力，特別適用于污染嚴重禽舍的消毒。為了充分發揮熏蒸消毒的作用，確保消毒效果，禽舍熏蒸消毒時應注意以下八個方面：
一、禽舍要密閉完好。甲醛氣體含量越高，消毒效果越好。為了防止氣體逸出舍外，在禽舍熏蒸消毒之前，一定要檢查禽舍的密閉性，對門窗無玻璃或不全者裝上玻璃，若有縫隙，應貼上塑料布、報紙或膠帶等，以防漏氣。
二、盛放藥液的容器要耐腐蝕、體積大。高錳酸鉀和福爾馬林具有腐蝕性，混合后反應劇烈，釋放熱量，一般可持續10～30分鐘，因此，盛放藥品的容器應足夠大，并耐腐蝕。
三、配合其他消毒方法。甲醛只能對物體的表面進行消毒，所以在熏蒸消毒之前應進行機械性清除和噴灑消毒，這樣消毒效果會更好。
四、提供較高的溫度和濕度。一般舍溫不應低于18℃，相對濕度以60%～80%為好，不宜低于60%。當舍溫在26℃，相對濕度在80%以上時，消毒效果最好。
五、藥物的劑量、濃度和比例要合適。福爾馬林毫升數與高錳酸鉀克數之比為2：1。一般按福爾馬林30毫升/立方米、高錳酸鉀15克/立方米和水15毫升/立方米計算用量。
六、消毒方法適當，確保人畜安全。操作時，先將水倒入陶瓷或搪瓷容器內，然后加入高錳酸鉀，攪拌均勻，再加入福爾馬林，人即離開，密閉禽舍。用于熏蒸的容器應盡量靠近門，以便操作人員能迅速撤離。操作人員要避免甲醛與皮膚接觸，消毒時必須空舍。
七、維持一定的消毒時間。要求熏蒸消毒24小時以上，如不急用，可密閉2周。
八、熏蒸消毒后注意通風。消毒后禽舍內甲醛氣味較濃、有刺激性，因此，要打開禽舍門窗，通風換氣2天以上，等甲醛氣體完全逸散后再使用。