消毒前的機械性清除工作，可以將環境中90%的病原微生物清楚掉，之后進行噴灑常規的消毒藥，可降低 95%以上的病原微生物，如進行福爾馬林和高錳酸鉀熏蒸，病毒和細菌的殺滅率達99.9%以上;如上述幾種方法同時使用，則可基本殺滅環境中的病原。因此，雞場消毒應遵循以下基本程序：清掃、水沖、噴灑消毒藥液、熏蒸。
盲目消毒,沒有科學的消毒程序
一般分為定期預防性消毒、隨時消毒和終末消毒三種情況,而且應按照從上到下、先內后外等一定的順序進行,不可雜亂無章。只重視雞舍內小環境的消毒,而忽視了平時對場區、門口、禽舍進出口、人員往來等大環境的消毒;雞舍內的消毒往往也只是簡單的噴灑一番,往往忽略了天棚、門窗、供水系統及排污溝等死角的消毒,使這些地方變成了病原菌繁殖的場所。
消毒藥物使用不當
在配制消毒藥液時,任意增減濃度,配好后又放置時間過長,甚至兩種藥物混合或同時在同一地點、在很短的時間間隔內使用。
過分依賴于消毒
過分依賴于消毒,認為消毒就是一勞永逸,而忽視日常管理、對環境的改進及采取綜合防疫措施,造成疫病預防的有效性降低。如只重視消毒不注重環境衛生的清掃與保持,使有害氣體嚴重超標,導致家禽的呼吸系統疾病長期存在。
正確的消毒程序
養雞場要建有圍墻,并且只有一個用于車輛和人員進出的控制入口。出入場區和生產車間、雞舍的主要通道必須設置消毒池,消毒池的長度為進出車輛車輪2個周長以上,消毒池上方最好建頂棚,防止日曬雨淋,消毒液可用消毒時間長的復合酚消毒劑或3%～5%氫氧化鈉溶液,每周更換2～3次。每棟雞舍的門前要設置腳踏消毒池,消毒液每天更換1次。原則上不接待任何來訪者,場內人員不得隨意進出場區,對許可出入場區的一切人員、運載工具必須進行消毒并記錄在案。
養雞場環境衛生消毒 經常使用高壓水清洗,每月對場區道路、水泥地面、排水溝等區域,用3%～5%氫氧化鈉溶液等消毒液進行4～5次的噴灑消毒,育雛舍內及其周圍在育雛期間最好每天消毒1次。保持雞舍四周清潔無雜物,定期噴灑殺蟲劑。
空雞舍的消毒 用2%氫氧化鈉溶液或5%甲醛溶液噴灑消毒。24小時后用高壓水槍沖洗,干燥后再噴霧消毒1次。為了提高消毒效果,一般要求使用兩種以上不同類型的消毒藥進行至少3次的消毒(建議消毒順序:甲醛→氯制劑→復合碘制劑→熏蒸),噴霧消毒要使消毒對象表面至濕潤掛水珠,最后一次最好把所有用具放入禽舍再進行密閉熏蒸消毒。熏蒸消毒一般每立方米的禽舍空間,使用福爾馬林42毫升、高錳酸鉀21克、水21毫升,先將水倒入耐腐蝕的容器內,加入高錳酸鉀后攪拌均勻,再加入福爾馬林,消毒人員操作時要帶防毒面具，操作完畢迅速離開。門窗密閉24小時后,打開門窗通風換氣2天以上,散盡余氣后方可使用。