做好種雞場的消毒管理，能有效的殺滅病原微生物，控制微生物的繁殖和傳播，為雞群提供安全的環境。種雞場消毒根據場所和重點不同，可以采取不同的消毒方式。
非生產區消毒
1、人員消毒
設置消毒通道，進場人員必須踩踏3米長距離的消毒墊，消毒墊每兩小時用0.05%的季銨鹽類消毒劑噴灑一次。
2、車輛消毒
外單位車輛禁止進入場區，本單位車輛進入時須經0.05%的季銨鹽類消毒劑全面噴灑消毒后進入指定停車場。
3、辦公及生活區環境消毒
每天用2%的火堿水或0.1%的次氯酸鈉噴灑兩次，每周更換一次消毒液。
生產區消毒
1、生產人員的消毒(包括進入生產區的來訪人員)
生產區入口設有更衣室、淋浴室。工作人員進入生產區應洗澡、更衣，非生產人員不得進入生產區。
2、生產區入口消毒池
消毒池與門同寬，長6米，深30厘米，一般用2%氫氧化鈉溶液充滿，每天更換。本場蛋車、料車經過消毒池出入，其他車輛禁止進入生產區。
3、生產區內道路、雞舍周圍、場區周圍每天消毒一次，消毒藥可用2%的火堿或0.1%的次氯酸鈉。
4、裝雞(苗)進出：每次進出雞(苗)后，對道路、裝卸場地、進出口、裝卸工具等必須嚴格消毒，防止交叉感染疾病。
5、運載工具
料車：每天清掃，進出消毒，進出通過消毒池;蛋車：每天下班前清掃干凈，進出消毒，進出通過消毒池。
雞舍消毒
1、空舍消毒
首先將能移走的設備與用具移出舍外，掃落天花板、墻壁上的蜘蛛網和灰塵，并將灰塵、垃圾、廢料、糞便等一起清掃集中作無害化處理，然后用高壓噴槍沖洗天花板、墻壁和地面。待雞舍干燥后對籠具、地面、糞溝等耐火設施進行火焰噴射消毒;然后用消毒液對雞舍全面噴灑消毒;關閉門窗用42ml/m3甲醛和21g /m3高錳酸鉀或強力熏蒸粉3g/m3進行封閉熏蒸消毒24小時，最后對雞舍周圍外環境至少5m范圍內撒生石灰。
2、雞舍入口
門口擺放消毒墊、消毒盆，進入雞舍前踩踏消毒墊、洗手并更換舍內專用鞋。
3、帶雞消毒
消毒順序：房頂、進風口、雞群、籠、蛋網、籠架、地面;消毒槍與雞籠呈45°角，消毒噴槍所噴出的霧滴應小而分散，不能噴出水柱。
4、飼喂工具、及其他器具的消毒
每天下班前用3g/ m3的強力熏蒸粉進行熏蒸消毒30分鐘。
5、種蛋消毒
每天集中收集4次，每次收集挑選后放在指定熏蒸間用3g/ m3的強力熏蒸粉進行熏蒸消毒20分鐘后方可運走。
投入品、物品等消毒
1、飲水管消毒
定期對水源進行清理，每15天用100ppm的高錳酸鉀溶液消毒一次。
2、藥物、飼料等物料外表面(包裝)
一般采用密閉熏蒸消毒，用3g / m3的強力熏蒸粉熏蒸30分鐘。
3、獸醫器械消毒
鑷子、剪刀等一般采用75%的酒精浸泡和烘干方式消毒;注射器、滴鼻點眼用的小瓶等免疫器具一般用50℃左右的溫水沖洗干凈后包好，置于高溫消毒鍋中煮沸30分鐘。
4、輸精用具
滴頭用60℃以上熱水浸泡12小時，然后用熱水(60—70℃)沖洗4次，離心機(洗衣機)甩干，裝在盒子里(每盒裝96個，不蓋蓋子)，連同蓋子置于92℃烤箱烘烤1-2小時，從烤箱中取出后，蓋好蓋子。
集精管用洗衣粉浸泡，然后用刷子將集精管內的精液刷干凈;再用清水將洗衣粉沖洗干凈，放到烤箱中烘烤1小時，烤箱溫度設定為120-150℃。
病死雞、活疫苗空瓶處理消毒
1、死尸處理
每個棟舍的病死雞集中存在排風口處、密閉的容器中，安排專人每天集中收集，在專用焚化爐中焚燒處理，同時對容器進行清洗消毒。
2、活疫苗空瓶處理
每次使用后的活疫苗空瓶應集中回收，放入有蓋塑料桶中滅菌處理，然后集中焚燒。
糞便等污物處理區消毒
將每天清出來的雞糞、死、病雞等必須通過污道，運至專用污物處理區進行發酵處理，每次工作結束后道路、處理區場地必須消毒，此外每月對污道及污物處理區撒生石灰一次。
總之，種雞場做好各個環節的消毒管理工作，可以有效的避免疾病的發生和流行。