空閑雞舍(出欄后的空雞舍)的消毒，通常應按雞舍消毒作業程序進行清掃、水洗和消毒。雞舍消毒作業程序：
第1天清掃(事先用消毒液噴灑，避免病原微生物隨糞塵飛揚);第2天水洗(水中加入堿性藥物);第3天干燥;第4天消毒(噴灑消毒液);第5天干燥;第 6天再消毒(為殺滅球蟲卵囊，在床面、排水溝等處，追加噴灑殺球蟲卵囊藥物);第7天干燥第8天熏蒸消毒(無窗雞舍);第9天做進雞準備，開始新一輪的生產。消毒作業時，對搬出舍外的用具等，須在指定的場所進行水洗和消毒;糞便及墊料等應深埋、焚燒或發酵處理。熏蒸消毒，通常用于具有密閉條件的雞舍(如無窗雞舍、育雛雞舍等)。
熏蒸消毒時應注意：①蒸氣不能穿透雞糞和污物，須將其清除、洗凈后才能發揮蒸氣的消毒作用;②將舍門及其他所有縫隙封嚴，避免泄漏蒸氣，以充分發揮福爾馬林或過氧乙酸熏蒸消毒的作用。對空閑雞舍的消毒，有時可不必按雞舍消毒作業程序逐項進行操作，可根據雞舍條件、衛生狀況等，適當地簡化處理程序。如果是衛生防疫管理得好，沒發生傳染病的雞舍，在雞出欄后充分噴灑消毒液，放置1夜待雞糞軟化后將之清除，然后再用消毒液沖洗。晾干后對沖洗不充分的地方，再做補充消毒，放置至下次進雞。