消毒在現實生產過程中常常被用到，應用合理可以有效的減少病原菌毒的存在，凈化環境，減少疾病的發生，提高經濟效益。但很多養殖戶往往過于依賴于消毒，無論何種狀況下首先想到的是消毒，殊不知合理的消毒有作用不合理的消毒反而有副作用。濟南維康畜禽病防治研究所多年來總結實際情況得出以下結論：
1、養雞戶喜歡用廉價的生石灰作消毒劑，直接撒在蛋雞舍地面上，這是不科學的。因為生石灰撒在干燥的雞舍地面上，會刺激雞的上呼吸道，引起呼吸道疾病，如被雞踩踏，還會腐蝕腳趾使其受傷，更為嚴重的是，蛋雞常因高產而缺鈣，見到石灰會大量啄食，生石灰在雞的腸胃里與水反應，產生強堿物質，并放出大量熱，損傷消化道組織，引起發炎、水腫或潰瘍，甚至會引起嗉囊及肌胃穿孔，導致雞只死亡。總之，用生石灰干撒消毒蛋雞舍害處多，如若用，可加水配成10%～20%的石灰乳噴灑地面消毒。
2、嚴禁使用消毒液直接供雞引用。消毒液六親不認，一旦進入雞的消化系統，幾乎所有細菌無論有害還是有益菌統統殺滅，往往造成消化不良，引起一系列問題。
3、不要使用消毒液帶雞噴霧消毒,凈化雞舍空氣，噴清水和噴消毒劑效果是相當的。另外消毒劑一旦進入雞的呼吸系統極易造成對粘膜的刺激作用，導致疾病的發生。
4、飲水消毒需要靜置3小時以上方可供雞飲用。
5、多種消毒劑需要交替使用，以提高消毒效果。
6、水線、供水設施需要定期消毒。