雞舍的雞出售后到再次養雞之間的空置期，是減少或消滅雞舍內病原微生物的最佳時機。首先要將雞舍清掃干凈，并用水沖洗，將雞籠、食槽、水槽清洗干凈，做到地面墻壁籠具無糞塊，因為糞塊的存在使消毒效果受到影響，特別是包在糞塊中的病原微生物很難被消毒藥殺死。接著選用消毒作用強的消毒藥進行全面噴灑消毒，食槽、水槽等用具可以用消毒藥浸泡消毒。然后可以將雞舍空置一定的時間，因為許多病原微生物在常溫下會慢慢地死亡，雞舍空置時間越長，病原微生物死亡越多。雞舍空置也是減少或消滅雞舍內病原微生物的一種方法，具體空置多長時間要根據雞場內雞舍的周轉情況而定。
最后，在養雞前還要對雞舍及雞舍內的設備進行一次全面徹底的消毒，比較好的方法是熏蒸消毒，將所有的雞籠、食槽、水槽等用具放入雞舍內，然后關閉門窗，堵住雞舍的各種洞，使雞舍徹底封閉，在雞舍內放入薰蒸消毒藥物進行熏蒸消毒，能達到全面徹底的消毒效果。薰蒸消毒后要將門窗打開，將薰蒸消毒藥物吹走，以防對苗雞造成傷害。
飼養期間的清潔消毒
雞進入雞舍后，隨著時間的推移，有的雞排出的糞便、呼吸道分泌物等含有病原微生物，以及由于隔離措施不當造成病原微生物侵入雞舍，這些含有病原微生物的糞便、呼吸道分泌物等可以附著于雞舍的地面、墻壁、雞籠、食槽、水槽和進入雞的飼料飲水中，以灰塵、飛沫的形式飄浮于空氣中，對雞舍的環境造成新的污染。由于有雞的存在，清潔消毒就不太方便。
首先，養雞期間雞舍要每天打掃，及時清理糞便，保持雞的飲水和飼料衛生，水槽要每日清洗，食槽要定期清洗消毒，為了減少飲水中的病原微生物，可以選擇毒性低的消毒藥進行飲水消毒。
其次，養雞期間也可以對雞舍定期進行帶雞消毒，常用的是噴霧消毒，為了降低消毒藥對雞的傷害，應選擇毒性低、刺激性小的消毒藥物，噴霧消毒不僅可以對雞舍的地面、墻體、雞籠以及雞體表進行消毒，還對存在于空氣中灰塵、飛沫內的病原微生物有殺滅作用，可以大大降低雞舍內的病原微生物含量，減少或減輕雞的發病。另外，加強雞舍的通風不僅可以使雞舍內空氣新鮮，還可以有效地將飄浮于空氣中的灰塵、飛沫吹走，降低空氣中的病原微生物含量，減少飛沫傳染的機會，對防止雞呼吸道疾病的發生有很好的預防效果。