(一)孵化前的準備
1.安裝前要使水泥地面保持平整。孵化機稍向前(有的機型向后)傾斜，以便清洗時排放污水。機門前要留有2～3米的操作空間。
2.對孵化室、孵化機進行消毒。此項工作應在入孵前1周在檢修機械完后進行。室內屋頂、地面等各個角落都要清掃干凈，機內涮洗干凈后，用高錳酸鉀、甲醛熏蒸消毒，或與入孵種蛋一起消毒。
3.檢查蛋盤。看蛋盤框是否牢固，鐵絲是否有脫位、折斷和彎曲現象，做到逐個檢查。
4.機體檢查。反復開門后，看是否嚴密，機體四壁、上頂、底板是否變形，發現故障及時補修。
5.校正檢修機器。在孵化前1周，要系統檢查安裝是否妥當、牢固，各電器系統是否接好、靈敏、準確。檢測溫度計準確度的方法：可用1個讀數準確的溫度計與孵化用溫度計插入溫水中，觀察溫差，如溫差過大(大于0.5℃)，應更換或膠布貼上校正值標記。
6.試機過程中的檢查。試機過程中要對供溫、供濕、警鈴、風扇等系統以及電機的轉動進行詳細檢查，上述部分一切正常，試機運轉1～2天后方可正式入孵。
對于種蛋入孵前的準備，應先做好種蛋的入孵前選擇，即外部觀察、照蛋和剖檢法。其次應做好種蛋入孵前的預熱和消毒。
(二)孵化過程中的管理
1.種蛋入孵。上盤后的種蛋，經過預熱、消毒后入孵。入孵時將蛋盤插入孵化機內的蛋架即可。但要注意架的平衡，防止翻蛋。
2.溫度調節和通風。溫度經過調節固定后，一般不要再動，剛入孵時，由于開門放蛋，散失部分熱量，同時種蛋和蛋盤又要吸收熱量，而使孵化機內溫度急劇下降，這是正常現象，過一段時間會逐步恢復正常。在正常情況下，機內溫度偏高0.5℃或偏低0.5℃時，即要檢查原因，予以調整，因此要隨時觀察機門上溫度計批示的溫度情況，如有不正常就要及時檢查控溫系統，排除故障。隨著胚齡增加應適當開啟排氣口，到后期應全部打開，以保持胚胎正常發育對氧氣的需要。但前期不應開啟過大，以免加溫較慢，浪費電能。一般在1～19日胚齡期間要求孵化機內的溫度為39℃左右。19日胚齡移入初孵機時，溫度應38～38.5℃。在使用孵化機時要注意，一定要按孵化機生產廠的使用說明書推薦的溫度試用，還要考慮所處的地理條件。