一般影響雞舍衛生管理的因素如下：
1.雞場選址不合理
有50%以上養雞場在選址時，只想自己飼喂方便，而不考慮對周邊環境污染影響，也不考慮防疫隔離條件，而將雞場直接建于居民村莊前或家畜圈棚鄰近。有些養殖戶還將雞舍建在居民院內、學校旁邊或高密度飼養區域內。這樣極不利于防疫隔離和衛生消毒措施。
雞場選址應根據國發[2007]4號文件精神，在鄉鎮土地利用總體規劃中合理安排用地。養殖戶所在鄉鎮政府應在養殖比較集中的村社統一規劃部分土地，用于發展標準化養殖小區。建立規模化養雞場要嚴格按照《動物防疫法》、《環境保護法》及農業部《動物防疫條件審核辦法》規定選好場址，遠離動物屠宰場便于防疫隔離;遠離化工機械廠、公路主干道、集貿市場等，選擇相對安靜的場址來減小噪音的污染;遠離村莊、飲用水源、人口密集區以防對人居環境造成較大影響。
2.消毒制度不嚴格
對大部分雞場來說，消毒意識雖有，但普遍薄弱。有時抱有僥幸心理，存在麻痹思想;常見的所謂消毒只是對腳底進行踩踏消毒，不能對全身進行有效徹底消毒;有些養雞場雖然設有消毒室、消毒池，但形同虛設，不能正常使用或根本就不用，起不到應有的作用。如雞場入口處車輛進出的消毒池常年沒有消毒藥液，即使有也不是經常添加消毒液而導致消毒液濃度降低;又如消毒舍內安裝的紫外線燈燈管損壞而不能及時更換。甚至有部分養殖場沒有設立專門的更衣消毒室，沒有設立紫外線消毒燈。多數養雞場沒有建立嚴格的消毒隔離等防疫制度，加之養殖環境不良，致使病原微生物大量繁殖而引起疫病的發生和傳播。
雞場消毒是控制傳染源、切斷傳染途徑的重要措施。一應加強對養雞戶防疫消毒常識培訓，強化消毒意識，健全消毒制度，配齊消毒設施設備。二應加強對養雞場防疫條件審核，重點針對雞場門口是否設置消毒池，是否經常更換添加消毒液，是否在進入雞舍區設立更衣消毒和紫外線消毒設施，消毒設施設備不到位的要限期整改;三應督促養雞場建立健全嚴格的消毒管理制度，對進出人員嚴格限制，對進入雞場的車輛嚴格消毒，要定期帶雞消毒，每周實施噴霧消毒，及時清除雞糞、垃圾廢物。四要對場內飼料車、運蛋車、除糞車、手推車、鐵锨、蛋框等生產運輸工具妥善管理，并及時清洗和定期消毒。
3.生物安全無措施
多數養雞戶防疫隔離措施執行力差，甚至沒有嚴格的防疫隔離觀念，存在著生物安全無措施、病禽隔離無條件等問題。如病死雞在場內隨意剖檢，沒有做到死后焚燒、深埋，嚴重污染養殖環境;有30%養殖戶不能及時將病雞或疑似病雞從大群中隔離開來，容易造成疫病傳播和蔓延;不少養殖戶甚至愿意讓獸醫在雞舍內剖檢，這都是疫病迅速侵入健康雞群、導致連環發病的最主要原因;一些養殖戶廢棄的獸用生物制品和藥品包裝物，隨意亂扔，沒有進行無害化處理，存在污染環境、擴散病原的危險。
養雞場應建立健全生物安全防護制度。一要對雞場內病死雞嚴格執行“四不準一處理”(即不準宰殺、不準食用、不準出售、不準轉運、對病死雞必須無害化處理)”制度。二要對剖檢的尸體采取深埋安全處理措施，勿給狗吃或送人，更不要亂丟亂拋，育雛階段的死亡小雞也應燒毀或深埋，防止野狗掏食;三要對雞糞、垃圾廢物采用發酵法或堆糞法進行無害化處理。四要對廢棄的藥品、生物制品包裝物進行無害化處理。
4.圈舍建設基礎差
農村養雞舍35%以上按照傳統的農屋模式建造，其保溫、隔熱基礎條件較差，通風和保溫矛盾突出，特別是在冬季、冬春、秋冬季節轉化時表現明顯，雞群長期處于應激狀態，造成雞質體質較差;另外，雞只占籠面積較小，采食飲水空間不足，易造成雞群發育不均衡，導致傳染病發生。