農戶在給雞舍消毒時可以用以下幾種方法選擇消毒藥：
1.飲水用消毒劑的選擇
雞飲水質量的好壞，可直接或間接影響雞群的生產性能，甚至誘發疾病。飲水消毒所用消毒藥物要求對雞只的腸道無腐蝕和刺激性，一般常選用的藥物為鹵素類，常用的有次氯酸鈉、漂白粉、二氯異氰尿酸、二氧化氯等，定期在雞飲水中添加消毒劑，有效地減少了疾病造成的損失。
2.噴霧用消毒劑的選擇
噴霧消毒分兩種情況，一種是對空置的雞舍和雞舍內的設備進行消毒，一般選擇氫氧化鈉、甲酚皂、過氧乙酸等。另一種是帶雞噴霧消毒，主要應用鹵素類和刺激性較小的氧化劑類消毒劑，如雙季銨鹽—碘消毒液、聚維酮碘、過氧乙酸、二氧化氯等。
3.熏蒸用消毒劑的選擇
一般選擇高錳酸鉀和甲醛，也可用環氧乙烷和聚甲醛，可根據情況進行選擇。
4.浸泡用消毒劑的選擇
一般選用對用具腐蝕性小的消毒藥物，鹵素類是其首選，也可用酚類進行消毒。浸泡消毒的對象是飼槽、飲水器、蛋盤、糞板等，消毒液需新配制，時間數小時，不得少于30分鐘。對于門前消毒池，建議用3%~5%的燒堿溶液消毒。