小三毛金藻呈橢圓形或球形，大小為（6～7）微米×（6～11）微米。細胞前端有3根鞭毛，2根長的鞭毛約為細胞長度的1倍半，中間1根短的只有前者的1/4～1/3。近鞭毛基部有1個伸縮泡，2個葉狀的金黃色色素體位于細胞兩側，且常偏于細胞前半部。小三毛金藻在池塘中大量繁殖，分泌一種毒素，可使河蟹中毒致死。

    小三毛金藻繁殖要求水具有一定的鹽度和硬度，因此河蟹發病一般在距海較近的池塘，或在鹽堿地建造的蟹池。小金三毛金藻發病主要在早春、晚秋和初冬季節。在池中達不到一定密度時，小三毛金藻對河蟹危害并不明顯，但隨著池中條件適宜使之大量滋生成為優勢種時，密度達到和超過3000萬個/升，就會使水呈濃黃褐色。此時，小三毛金藻分泌的毒素，能毒害魚類和河蟹的呼吸中樞，河蟹中毒后一般逃到水草上或爬上岸。當水中小三毛金藻的密度超過3000萬個/升時，水呈濃黃褐色。

    防治小三毛金藻，可用硫酸銅全池潑灑，使池水硫酸銅濃度達0.6～1毫克/升，一般經24小時左右可使蟹恢復正常。硫酸銅只能抑制小三毛金藻的繁殖，不能完全殺滅小三毛金藻。注入新水可以降低小三毛金藻在池水中的密度，并降低其毒性。