在雞胚胎孵化期間蛋白質含量的變化反映著胚胎生長發育的需要，尿素氮含量則反映著胚胎機體的營養狀況，側面反映了蛋白質代謝水平的指標。蛋白質是形成胚胎組織器官的主要營養物質，是禽蛋干物質中相對比例最大的化學成分。在孵化期間蛋白質是動態平衡的，蛋內的蛋白質約47%存在于蛋白，53%存在于蛋黃。
1.蛋白質代謝產物
蛋白質的代謝產物在不同的發育階段有所不同，發育的前7d，蛋白質代謝產物主要是氨和尿素，以后主要是尿酸鹽。肌酸和肌酸酐的含量隨胚胎發育而增加。12 胚齡胚胎消化系統發育完全，可吞食蛋白，但這種吞食對蛋白質的利用效率不高，這也許與后期蛋白質數量大、質量有所下降有關，還與一些氨、酶和脂肪等有關。發育后期尿素氮驟然升高，說明胚胎吸收蛋白質的量增加，但是代謝水平降低;也說明尿酸中尿素氮濃縮物含量高。
2.粗蛋白
孵化初期胚胎發育緩慢，蛋白中粗蛋白含量較高，此時由于胚胎發育的主要能源物質是碳水化合物，所以蛋白中粗蛋白變化相對穩定。孵化中期粗蛋白含量增加，約 14胚齡達到最大值，可能是粗脂肪代謝旺盛導致。蛋黃中粗蛋白含量時高時低，說明是胚胎在利用蛋黃中營養物質時并不是單一的，而是不斷變化的。粗蛋白的減少促進了羽毛、喙等形成以及骨骼的硬化，在出雛時蛋黃中粗蛋白含量約為入孵前的2倍，究其原因可能是胚胎利用脂肪等營養物質速度比蛋白質快。
胚胎中的粗蛋白含量與胚齡呈現負相關。生長發育后期，胚胎粗蛋白含量以降低為主，粗脂肪含量不斷增加;這是由于胚胎各器官形成后，軀干等部位得到優先快速增長導致的。胚胎發育過程中，由于胚體吸收利用的結果，使得蛋黃、蛋清中的蛋白質含量總體表現為下降趨勢。然而又有起伏波動現象，可能與其中水含量變化有關。