艾美耳球蟲幾乎能夠對所有的抗球蟲藥物產生耐藥性。因此使用抗球蟲添加劑應有一個合理的用藥方案，以確保藥物的作用效果，延緩球蟲耐藥性的產生，從而有效地預防和控制球蟲病的發生。
輪換用藥方案。輪換用藥是使用一種抗球蟲藥物一段時間以后換用另一種藥物，一般以雞的批次或3個月至半年為期限進行輪換。輪換用藥的原則是替換藥物之間不能有交叉耐藥性，其化學結構不能相似，作用方式不要相同，藥物的作用峰期也不要相同。一般在化學合成藥物和聚醚類抗生素之間輪換，或聚醚類抗生素中的單價離子藥物和雙價離子藥物之間輪換。短期輪換則可在抑制球蟲第一代裂殖體的藥物和抑制第二代裂殖體的藥物之間輪換。輪換用藥法一般應有3~4種以上的藥物輪換使用。例如，飼養的第一批雞使用氯苯胍，第二批雞使用馬杜拉霉素，第三批雞使用拉西洛菌素。輪換用藥是通過改變不同化學背景的藥物來預防和控制球蟲病，因而能較大限度地阻止球蟲產生耐藥性，作用效果也較好。
應用新藥方案。抗球蟲藥物種類繁多，每年都有新藥物上市。一些新藥物比較高效，抗球蟲譜廣和毒性低，所以抗球蟲指數高，且不易產生耐藥性。例如，殺球靈就是一種新型廣譜抗球蟲藥物，具有高效、用量低、毒性低等特點，在飼料中以1毫克/千克的用量，就能有效地抑制和殺滅各種球蟲，且對增重和飼料轉化率無不良影響，其作用效果優于多種常規的抗球蟲藥物，是目前用藥濃度最低，作用效果最好的一種抗球蟲藥物。因此在使用常規藥物的同時，有計劃有間隔地使用新藥物，能起到很好的作用效果。
聯合用藥方案。聯合用藥法是一個飼養期內同時應用兩種或兩種以上的抗球蟲藥物。聯合用的抗球蟲藥物應作用于球蟲的不同代謝環節，才能產生協同作用或相加作用，這些藥物還不能有耐藥性和交叉耐藥性。聯合用藥時，一種藥物可以彌補另一種藥物的不足，所以能擴大抗球蟲譜，延緩球蟲耐藥性的產生，從而提高作用效果和藥物的使用期限。例如，氨丙啉只對柔嫩艾美耳球蟲、毒害艾美耳球蟲和巨型艾美耳球蟲有效，與乙氧酰胺苯甲酯聯用，除對以上3種球蟲有效外，對堆型艾美耳球蟲和布氏艾美耳球蟲也有效，擴大了抗球蟲譜。另外，氨丙啉與磺胺喹?啉，二胺嘧啶與其他磺胺類藥物，氯羥吡啶與苯甲氧喹啉聯用，也有較好的作用效果。聯合用藥較適宜于春季等球蟲高發季節和球蟲高發地區。
穿梭用藥方案。穿梭用藥是在同一飼養期內不同的生長階段交替使用不同的藥物。一般在同一批雞的育雛階段和生長階段進行二藥穿梭或在小雞、中雞和大雞飼養中進行三藥穿梭。穿梭用藥使用的抗球蟲藥物的化學結構和作用方式不要相同，并且在球蟲高發階段使用高效抗球蟲藥物，低發階段使用低效抗球蟲藥物。例如，在育雛階段使用鹽霉素，生長階段使用球痢靈;或者雛雞飼料使用氯羥吡啶，青年雞飼料使用莫能菌素，成雞飼料使用球痢靈。穿梭用藥法由于針對生長階段用藥，因此在一定時間內效果較好，且能延緩耐藥性的產生，但長時間使用較易產生耐藥性并可能產生交叉耐藥性。因此穿梭用藥法中化學合成藥物的使用期一般不要超過1個月，聚醚類抗生素使用一般不要超過6個月。
連續用藥方案。連續用藥就是在一定時期內，在雞的整個生長期連續不斷地使用一種作用效果較為明顯的抗球蟲藥物，以完全抑制球蟲卵囊的形成，從而預防和控制球蟲病的發生。這種方法一般適用于抗球蟲指數高，產生耐藥性較慢的抗球蟲藥物，并適宜在飼養周期較短的肉用仔雞和新飼養場應用，但使用時間不能過長，以防止較快產生耐藥性。