為了給新入雞群在飼養過程中創造一個良好的干凈舒適的環境，清除以往雞群和外界環境中的病原體。消毒效果的好壞，直接影響到雞群的健康，所以空置雞舍消毒顯得尤為重要。
第1天清掃
首先應清除舍內的墊草垃圾、糞便、羽毛等廢棄物(可以事先用消毒液噴灑，避免病原微生物隨糞塵飛揚)。并將地面、門窗、屋頂等地方的灰塵清掃干凈。
第2天水洗
在水中加入堿性藥物后對養殖場的墻壁、地面、籠架、用具進行清洗，使用高壓水槍沖洗效果更好。尤其要注意對角落的清洗。
第3天干燥
等清洗時留下的水分干燥后再進行消毒，消毒液不被稀釋，可保證消毒效果。
第4天 消毒
用消毒藥噴灑或浸泡消毒用消毒藥噴灑墻壁、門窗、頂棚、籠架等，料水槽能拿的可放到大容器內用1%苛性鈉液或2%~3%克遼林乳劑浸泡1天，刷凈，用清水沖洗干凈，晾干備用;籠養的，要用消毒液反復擦洗料槽。
第5天 干燥
第6天 再消毒
為殺滅球蟲卵囊，在床面、排水溝等處，追加噴灑殺球蟲卵囊藥物。若是遇到墻壁、地面、籠架及不怕燒的用具可以使用火焰槍對其表面進行消毒，速度為每分鐘2平方米。
第7天 干燥
第8天 熏蒸消毒
一般經過15天后再檢測消毒效果，用瓊脂平板取菌法。確定消毒達標后做進雞準備，開始新一輪的生產。消毒作業時，對搬出舍外的用具等，須在指定的場所進行水洗和消毒;糞便及墊料等應深埋、焚燒或發酵處理。
注意：①雞糞和污物等有機物，有機物減弱消毒消毒，須將其清除、洗凈后才能發揮后續消毒作用;
②需將舍門及其他所有縫隙封嚴，避免泄漏蒸氣，以充分發揮福爾馬林或過氧乙酸熏蒸消毒的作用。③對空閑雞舍的消毒，有時可不必按雞舍消毒作業程序逐項進行操作，可根據雞舍條件、衛生狀況等，適當地簡化處理程序。如果是衛生防疫管理得好，沒發生傳染病的雞舍，在雞出欄后充分噴灑消毒液，放置1夜待雞糞軟化后將之清除，然后再用消毒液沖洗。晾干后對沖洗不充分的地方，再做補充消毒，放置至下次進雞。
④使用的消毒劑不能隨意混合，防止彼此會發生拮抗作用。消毒可以輪換使用，免得產生抗藥性。
⑤一般熏蒸消毒后要空幾天后再進雞，如果空舍1個月以上再進雞還要再次熏蒸消毒，用藥量按一級消毒來進行。