在小龍蝦疾病防治或水質改良過程中，為避免藥害事故發生，選擇藥物時應嚴禁使用有機磷類（如敵百蟲、辛硫磷等）、菊酯類（如氯氰菊酯、氰戊菊酯等）殺蟲劑，在小龍蝦的繁殖期間禁止使用阿維菌素、伊維菌素等殺螨劑，以防對受精卵孵化產生不良影響；同時盡量避免使用小龍蝦耐受力低的藥物如溴氯海因等。常用的小龍蝦疾病防治藥物如下表：
類別
產品名
主要用途
殺蟲劑
硫酸鋅粉
防治小龍蝦固著類纖毛蟲病
殺菌劑
精品一元笑
防治小龍蝦病毒性、細菌性及真菌性疾病
聚維酮碘溶液
頂典
鱖魚康
苯扎溴銨溶液
防治小龍蝦細菌性疾病如黑鰓、爛鰓、甲殼潰瘍等
濃戊二醛溶液
水質改良劑
水立爽
降低養殖水體化學耗氧量，增加水體溶氧，降解氨態氮、亞硝態氮，促進養殖水體氮循環，改良水質與底質。
底立爽
中博高
中博金珠
氨凈
降解養殖水體氨態氮，改良水質
藻神
培草、解毒
活力66
分解養殖水體有機污物，促進養殖水體氮循環
雙效粒粒底改素
葡聚糖包膜維C
提高小龍蝦抗應激力
口服制劑
服爾康
口服治療小龍蝦細菌性疾病
恩諾沙星粉
鹽酸多西環素
肝膽利康散
保肝護肝，防治小龍蝦肝損傷
艾能
提高小龍蝦免疫、抗病力，促進小龍蝦生長
酶合電解多維
平衡與補充小龍蝦必需維生素，提高小龍蝦抗應激力