近年對蝦工廠化養殖逐漸興起，但受苗種、養殖模式、水質等多方面因素影響，工廠化養蝦面臨很多問題，即使有較高水處理系統，工廠化養殖在中期以后仍難以避免病害襲擊，形成穩定的效益。根據多年的經驗與總結，現將自己的一些看法發表一下：
1、弧菌問題
近幾年弧菌量超標一直是困擾對蝦養殖成功的一大因素。盲目消毒、大量抗生素的使用，使其產生了嚴重的抗藥性，這也是弧菌問題頻發的主要因素。
目前，弧菌檢測主要通過TCBS瓊脂培養基來檢測，不少人對于弧菌沒有一個正確的認識。TCBS瓊脂用于霍亂弧菌、副溶血弧菌的分離培養，一些有益菌在上面也可以長出黃色菌落。許多養殖戶一看到培養出大量黃色菌落就采取極端方式處理，往往會破壞池塘的生態平衡，反而起到反作用。
弧菌是自然海水中普遍存在的一個物種，各種方法很難殺絕。之前做過一些實驗，用漂白粉30ppm處理水，等余氯還有0.2左右時，測定弧菌含量，結果比未處理前還要多。因此控制弧菌還要在弧菌沒有反彈前入手。通過大量資料顯示，消毒后4-6h補充有益菌可以控制弧菌繁殖。
個人認為現階段控制弧菌主要有以下兩種方法：
（1）消毒后4-6小時大量補充有益菌；
（2）采用生物方法控制。抗菌肽以及噬菌體（菌克A380）配合有益菌進行控制。
2、肝臟問題
對蝦肝臟是其主要的免疫器官。肝臟功能是分泌消化酶與吸收、貯存營養物質。同時，肝臟有解毒功能，有防御功能，能制造凝血因子，代謝各種維生素、脂肪、蛋白質、激素；肝臟受損，對蝦全身器官將會崩潰。
正常的南美白對蝦肝臟呈現黃褐色，部分肝臟下有白色的薄膜，通過白膜與胃相連；非正常南美白對蝦肝臟變紅、變白、腫大或者萎縮糜爛，肝臟組織柔軟，缺乏彈性。顯微鏡下觀察，病變肝臟細胞排列不均勻，部分或大部分脂肪化、油滴樣變性。肝臟病變的過程可以通過肉眼觀察，在顏色上通常表現為：黃褐色（正常）、淺紅色、深紅色（腫大，初期）、稍微發白（開始萎縮）、完全變白（糜爛，后期）。發病初期該病可以進行有效的預防和治療，一旦進入后期，肝臟發白萎縮、糜爛，南美白對蝦往往會并發腸炎病、黃鰓病、黑鰓病、爛鰓病、紅體病、白斑病等疾病。特別是病毒性疾病，無法治愈，只能將病情較輕和健康的對蝦保留下來，損失往往比較大。
在工廠化養殖當中不少人為了追求生長速度，過量投喂，使蝦的肝臟負擔加重，同時，糞便殘餌積累，水體亞硝酸鹽、氨氮等超標，細菌大量繁殖，進一步加大肝臟負擔，從而使肝臟發生病變。
預防措施：
（1）控料，減少水環境的污染；
（2）定期使用芽孢桿菌凈化水體，分解有機物；
（3）服用中藥制劑與多維，促進解毒排毒。
3、脫殼不遂、軟殼
南美白對蝦的變態和生長發育總是伴隨幼體的不斷蛻皮和幼蝦的不斷蛻殼而進行的。蛻殼（皮）是對蝦生長發育的結果，當機體組織生長及營養物質累積到一定程度的時候必然要進行蛻殼(皮）。正常情況下，每蛻殼（皮）一次，蝦體會明顯增長，但是蛻殼不一定都會生長，比如說營養不足時，蝦蛻殼反而會出現負增長。蛻殼的同時還可以蛻掉附著在甲殼上的寄生蟲和附著物，并且可以使殘肢再生。
在工廠化養殖當中，過高的密度使得水體當中的鈣以及礦物質匱乏，尤其是淡水養殖。對蝦蛻殼過程需要在前幾天積蓄能量，不少人都是看到軟殼才進行補鈣，往往起到的作用不是很明顯，需知蝦對于鈣類的吸收也需要一個過程。一般在養殖過程中農歷初一、十五左右對蝦蛻皮比較集中，建議在農歷十三、二十六左右進行補鈣補礦（鈣加加、生物活性鈣補、礦補100）。