秋季的氣候特點，很容易引發池底有機質腐敗、惡化，產生有毒物質，導致泛底，對蝦浮頭、黑腮或紅體等；因此，改底也是晚造對蝦養殖管理工作的關鍵。
晚造蝦的改底方法大致上與前兩造相似，但因氣候原因，也有一些細節與其他的不同，需特別留意：
一、晚造養蝦慎用沸石粉等以吸附水體中有害物質方式改底的產品，因為這方式未能解決池底污染的根本問題；只會將有害物質沉積到底部，加重池底的負擔，極可能進一步加劇底質的惡化。
二、由于秋季氣候多變，中秋前后又是臺風雨季，因此不宜大量使用微生物底改產品，因為在天氣不佳時使用很容易引發底層缺氧，所以盡可能多用強氧分解型底改產品。
日常巡塘要注意觀察，發現出現底質惡化不良表象時，及時判斷原因并采取針對性措施：
一、底有異味時的改良方法：用速效水底雙改(3畝/包)+護底丹(2畝/包)混合干撒。
二、解毒、抑制病原菌的方法：用福底安(2畝/包)+降解靈片(2畝/包)混合干撒。
三、增強底部溶氧及解毒抗應激的措施：用護底丹(2畝/包)+硝化靈(2畝/包)混合干撒。
四、發現倒藻、水變或底黑、對蝦發病時的應對措施：用護底丹(3畝/包)+底速康(3畝/包)混合干撒。
五、水分層、底濁的處理措施：用解毒池底凈(5畝/包)+單胞藻(3畝/包)+藻源(2畝/包)混勻化水潑灑（需晴天上午使用）。