發酵床圈舍到底能否消毒，一直是養殖戶關心的問題。大家會自然地認為，消毒會殺滅發酵功能菌，所以發酵床圈舍不能消毒。在大部分發酵床技術資料中也都提到甚至強調發酵床墊料上不能消毒。但是，根據北京華夏康源科技有限公司的金寶貝干撒式發酵床養豬養雞技術應用幾年的實踐結果來看，這種想法不符合實際情況。也就是說，在發酵床上，特別是在金寶貝干撒式發酵床上，消毒完全可以做，不會影響發酵床的發酵功能。
所以一般的消毒對發酵沒有明顯的影響，是因為消毒藥的劑量相對于墊料數量太小，而且墊料本身具有強大的吸附作用，使得消毒藥不易擴散和滲透。墊料的化學作用和發酵過程的生物化學作用對消毒劑有較快的降解效果。
發酵床豬舍內沒有必要消毒。因為在發酵床墊料上，發酵功能菌占絕對優勢，幾乎沒有病原微生物的生存空間。就是說，發酵床自身有消毒作用。
對于發酵床飼養的育肥豬，消毒的主要目的是防止豬瘟、口蹄疫、豬流感和流行性腹瀉等傳染性和致病性都較強的疫病傳入，而對于條件性病原微生物的消殺不很必要。
豬場消毒的重點在與外界接觸的環節上，如進出的人員、車輛以及大門口等。靠消毒藥來控制病原體在一個圈舍內的傳播幾乎是徒勞的。
在周圍有疫情威脅時應加強消毒，但在沒有疫情威脅的絕大部分時間里沒有必要頻繁消毒。