控制養豬生產中的糞、尿、廢水和惡臭對環境污染，保護生態環境即是養豬場自身發展的需要也是環境保護的要求。處理糞、尿、污水的方法主要有以下幾種。
1、 堆集發酵用作農家肥。采用豬糞單獨干收集、堆積發酵用作農家糞或自作有機肥；盡量減少沖洗用水，廢水、廢渣用于制作沼氣用作照明、供暖，沼水澆灌農作物。
收集干豬糞堆放在發酵塘內，上面撒一層生石灰，再蓋上塑料膜或糊上一層泥巴，讓其發酵1個月左右，作農家肥供種植果樹、蔬菜。對防制豬的寄生蟲病也很有好處。
2、 制作有機肥。
3、 廢水處理。處理過程為固液分離-厭氧池-發酵-好氧池發酵-混凝沉淀-達標排放。
養豬場排出的廢水中固體懸浮物含量很高，通過固液分離可使液體部分的污染物負荷量大大降低，防止后續處理設備的堵塞損壞。
養豬場排出的廢水屬高氮、磷和高有害微生物的“三高”廢水。因此，厭氧發酵成為養豬業污染處理中不可缺少的關鍵技術，可有效去除大量的可溶性有機物，而且能殺死病原微生物。沼氣發酵技術就是最好的厭氧發酵，已被廣泛應用。常用的還有上流式厭氧污泥床。
天然好氧發酵時利用天然的水體和土壤中的微生物來凈化廢水的方法。常用水體好氧發酵，通過好氧塘、兼性塘、厭氣塘河養殖塘來處理廢水，可達到二級處理標準。