由于不同類型的微生物對消毒劑的抵抗力不同，某種致病菌可能不能被殺滅而大量繁殖。因此，養殖場日常的預防性消毒要針對本地常發疫病、易感畜禽種類及流行特點等因素，通過綜合分析制定消毒計劃，在飼養過程中多備幾種不同類型及功能的消毒劑，堅持定期進行輪換交替使用。
在受到疫病威脅或發生疫病時，則應根據具體情況及時制定臨時消毒計劃，有針對性地選用消毒劑和消毒方法，及時選用和更換最佳的消毒產品，以達到最佳消毒效果。
選用消毒劑時考慮藥物配伍，良好的配方能顯著提高消毒的效果。
配制消毒劑時要特別注意配伍禁忌，不能隨意混合使用。由于消毒劑的性質不同，混合使用容易使相拮抗的兩種成分發生化學反應，可能使效果削弱甚至失去消毒作用，有些消毒劑在混合使用時還會形成有害氣體等。