發酵床養豬的驅蟲方式跟傳統養豬的驅蟲方式有些類似，選好藥物，選好時間驅蟲就可以了。一般來講，驅蟲期通常為6天，要在固定地點飼喂圈養，以便對場地進行清理和消毒，驅除完豬只體內外的寄生蟲后再把豬趕到發酵床上飼養。驅蟲的方法可分為場外驅蟲和場內驅蟲兩種。
場外驅蟲 驅除體外寄生蟲，建議用伊維菌素拌料連喂5～7天，并用三氯殺螨醇稀釋液噴灑體表及圈欄。對于消化道內的寄生蟲，母豬公豬應每隔3個月驅蟲一次，公母豬驅蟲時要同時進行；引進的后備母豬并群前10天驅蟲一次；仔豬與育肥豬的驅蟲，可定于60日齡（30公斤）左右驅蟲一次即可，這樣能同時驅除多種蟲類。因為一般情況下，再飼養100天即可以出欄了，如果飼養周期比較長的養殖戶，則可以適當延后進行驅蟲。注意也要集體驅蟲處理，最好與母豬公豬驅蟲同時進行。豬驅蟲后要及時清除糞便，做無害化處理。豬舍地面、墻壁和飼槽要用5%的石灰水消毒，避免排出的蟲體和蟲卵又被豬食入后再感染。
場內驅蟲 場外驅蟲完畢后就可把豬趕到“干撒式”發酵床上了。在以后的飼養過程中，我們還要定期對發酵床上飼養的豬進行驅蟲。由于金寶貝發酵菌種活性強大，所以驅蟲藥物并不會影響發酵床的發酵。即使發酵床上的豬再次感染了腸道寄生蟲，那么再次驅蟲后會使蟲卵隨著豬的糞便排到墊料上。由于墊料發酵過程中產生熱量，熱量本身會殺死蟲卵，而蟲卵本身是蛋白質，發酵床里的微生物會把蟲卵作為營養物質分解利用。所以說，只要把豬排出的糞便及時填埋到墊料的中層，就沒有問題。發酵床養豬的寄生蟲藥物性預防驅除工作應當有規律地定期進行，使豬腸道內的寄生蟲無法發育成熟，它也就無法排出蟲卵。