一個不漏水、不漏氣的沼氣池啟動時要注意以下幾個問題：
1、要有充足的接種物。新池裝料前，要收集老沼氣池里的沼渣與沼液、糞坑的底腳黑色沉渣、塘泥、城鎮污水溝的污泥，以及食品廠、酒廠、屠宰場的污水、污泥，其中都含有豐富的沼氣細菌，是良好的接種物。收集以上某一種接種物的數量，要達到發酵原料的10%-30%。把接種物和發酵原料均勻混合，一同加入池內，并及時加水封池。加入沼氣池的水可依次選用沼氣發酵液、生活廢水、河水或塘水等，也可使用井水，但盡量不用自來水。不能使用含有毒性物質的工業廢水。
2、適宜的溫度。在10-60°C的范圍內，沼氣池能正常發酵產氣，在這一溫度范圍內，溫度愈高，產氣量愈高。所以，沼氣池啟動最好在4-10月期間進行。
3、適宜的酸堿度（pH值）。沼氣微生物的生長、繁殖，要求發酵原料的酸堿度保持中性或微偏堿性（即pH值6.5-7.5）,過酸、過堿都會影響產氣。
4、適當的負荷。農村沼氣池的負荷通常用發酵原料濃度來表示，適宜的干物質濃度為6%-12%。濃度過高，發酵原料不易分解，并容易積累大量酸性物質，影響正常產氣。濃度過低，單位容積里有機物含量相對減少。沼氣池要低負荷（6%以下的濃度）啟動，等產氣正常后，再逐步加大負荷，直到設計的確定運行負荷。
5、添加水的控制。沼氣池啟動時，加入池內的水量較大，大約占沼氣有效容積的5/8。因此，啟動水溫對沼氣池能否順利啟動影響很大。一般啟動水溫應控制在20°C以上。如果在秋冬季節啟動沼氣池，加入池內的啟動水溫一般應控制在35°C以上。
6、封蓋。密封活動蓋的膠泥用石灰膠泥，不能太硬，也不能太軟，要能填充活動蓋和天窗口之間的縫隙。活動蓋上的蓄水圈要經常加水，以防密封膠泥干裂，出現漏氣。