集約化畜牧業對生物安全提出了更高的要求。但目前行業對生物安全的重視程度及相應的應用技術研究與集約化發展速度很不匹配，很多所謂的生物安全措施只是一定程度上的“形式主義”。一些做法也只能是尋求一種“心理安慰”。
按照制定的免疫程序進行免疫，畜禽就安全了，消毒不消毒并不重要。
實際上，免疫不是醫治百病的干金良方。免疫后機體應答產生了一定水平的抗體才可預防相應疾病的發生。而免疫應答產生抗體的水平會受到免疫時間及免疫方式、疫苗質量、疾病感染壓力、動物健康水平、飼料質量等諸多因素的影響。因此．按設定的程序進行免疫只是畜牧場生物安全措施的關鍵步驟之一。
消毒藥定期輪換使用，才能避免抗藥性的發生。
消毒藥是否輪換使用取決于所使用消毒藥的殺菌機理。所選用的消毒藥的殺菌機理是穿透性殺菌方式，則不會產生耐藥性的問題。穿透性殺菌方式下，消毒藥直接穿透細菌或病毒的細胞膜，氧化細菌、病毒內的脂質、蛋白成分及DNA而殺滅細菌、病毒，一旦消毒藥接觸到細菌、病毒，即可完成殺滅過程。細菌、病毒沒有機會對消毒藥產生適應性改變(通過變異以適應)。具有穿透性殺菌功能的消毒藥有：過氧化物類(如：衛可、過氧乙酸等)、鹵素類(二氧化氯、漂白粉、碘制劑等)。
所選擇的消毒藥的殺菌機理是接觸性殺菌方式，則易于產生耐藥性的問題。該類消毒藥在殺滅細菌、病毒時需要在其周圍有一定的有效濃度，當其周圍的消毒藥濃度不致以殺滅細菌、病毒時，細菌、病毒就會對其產生適應性改變(變異)而產生抗藥性。具有接觸性殺菌功能的消毒藥有：季銨鹽類(癸甲溴／氯胺、苯扎溴胺等)、酒精類、醛類、酚制劑等。
消毒藥輪換應遵循的原則：根據畜牧場面臨的生物安全情況確定。
高壓水沖洗房舍就可以獲得良好的清潔效果，再配合徹底的消毒即可高枕無憂。
高壓水只能沖走附于舍內表面的有機物，排除至舍外，對其它車間或整個生產區帶來新的污染。舍內墻面、設備表面的生物膜仍會持續對生產產生不良影響。