養豬人雜采取任何一項技術時，一定要先問自己三個問題：第一、有危害嗎？第二、有效果嗎？第三：性價比高嗎？
首先，消毒是對已污染的環境所采取的必要的補救措施，而沒有預防環境污染的作用，更不可能對疾病的治療有任何的意義。因此盡可能地減少污染和控制污染源才是唯一有效的方法。就好比常用的脫毒劑，只是對霉變的飼料原料的一種補救處理，效果有多好，意義有多大，每個養豬人心里有一桿秤，購買到沒有毒素的原料才是最有效和最關鍵的措施。
其次，任何的消毒劑對畜禽或人都是有危害的，這是消毒劑本身的性質所決定的。因為消毒劑對病原微生物都具有直接殺滅或抑制其生物活性的作用，其作用的機理就是使病原體蛋白變性或溶解而喪失治病能力，所以凡是具有滅菌作用的消毒劑，無疑對動物機體也都有一定的毒副作用，如組織腐蝕、吸收中毒、特異性致敏等。具體表現在：
1.造成動物和人的健康危害：很多消毒劑都有刺激性，例如甲醛、過氧乙酸、含氯消毒劑等，有的刺激眼睛，引起流淚、水腫；有的刺激呼吸道，引起打噴嚏、咳嗽、氣管和喉頭水腫；有的引起皮疹和使動物煩躁不安等癥狀。如常用的紫外線燈消毒，很容易損傷人的眼睛，引起眼炎和白內障，照射久了還有引起皮膚癌的危險。
2.成為某些疾病的幫兇：豬的呼吸系統和消化系統是與外界相同的，我們對飲水消毒的時候，就是在對豬的消化系統黏膜做破壞，所以對豬的消化吸收功能影響很大，甚至會誘發腸道疾病。當我們做帶豬消毒時，霧化的消毒液通過豬的呼吸對呼吸系統黏膜造成傷害，可能導致豬的第一道天然防御屏障的不完整性，從而使得致病菌能夠長驅直入，侵害豬的呼吸系統。這就是為什么噴飯消毒的豬場飼料報酬低、呼吸道疾病嚴重的原因之一。同時，消毒工作的本身對豬也是一種應激。
3.損傷器具：很多消毒劑腐蝕性都是很強的，如石灰水、苛性鈉、過氧乙酸等對金屬圍欄、金屬飼槽等有很強的腐蝕性，被腐蝕的器具，很容易污染和存留細菌病毒，如破傷風桿菌等。
4.降低環境的自凈能力：在自然環境中有許多有益的微生物可分解畜牧場排出的有害微生物可將它們分解成無害的水、二氧化碳等簡單的無機物，使有害微生物失去了宿主而死亡，從而使環境得到凈化。在頻繁和不規范的消毒情況下，有益微生物也被殺滅，而一些耐藥微生物會更加猖獗，大量的繁殖并擴散，對人類和動物生產造成嚴重的危害。
5.導致病原微生物抗逆性增強：長期大量的使用消毒劑，會使消毒效果明顯降低，甚至完全失效。例如，在污水中已經發現了含有抗甲醛的綠膿桿菌、腸球菌和傷寒桿菌，對季銨鹽類產生耐受性的葡萄球菌、白色念珠菌。所以在養豬生產中合理使用消毒劑應該引起高度重視。
6.可能引起生物變異：消毒劑的長期大量應用，會促使生物遺傳物質發生突變，這種突變是很細微的，但經過數代甚至多代以后，量變引起質變，可能出現新的有害變種。
其三，消毒劑殘留及對環境的破壞也不容忽視。中國環境科學研究院潘涔軒博士說過，含氯消毒劑在消毒過程中，主要是靠次氯酸的強氧化性來殺滅病原微生物的，但在上世紀70年代左右，人們就發現氯制劑在消毒過程中會生成有機氯化物。國際上亦已證明，這種物質對人的身體健康會造成不良影響。它會長時間滯留在環境中，很多情況下還會進入食物鏈，通過生物富集作用，產生危及人類健康的潛在危害。
總之，消毒時有毒副作用的，不要盲目消毒，更不要過度消毒。完全消滅病原微生物是不可能的，也是不現實的，更是沒有必要的，如何在你的豬場建立一個健康的微生態系統才是最重要的。同樣的道理，不是任何成功的消毒方案都可以照搬照抄的，就好比防疫程序，還是那句老話，有效的才是經濟的，適合你的才是最好的！