每批豬只調出后要徹底清掃干凈，用高壓水槍沖洗，然后進行噴霧消毒或熏蒸消毒。據試驗，采用清掃方法，可以使畜禽舍內的細菌減少21.5%，如果清掃后再用清水沖洗，則畜禽舍內細菌數即可減少54%～60%。清掃、沖洗后再用藥物噴霧消毒，畜禽舍內的細菌數即可減少90%。
用化學消毒液消毒時，消毒液的用量一般是以畜禽舍內每平方米面積用1～1.5升藥液。消毒時，先噴灑地面，然后墻壁，先由離門遠處開始，噴完墻壁后再噴天花板，最后再開門窗通風，用清水刷洗飼槽，將消毒藥味除去。在進行畜禽舍消毒時，也應將附近場院以及病畜、禽污染的地方和物品同時進行消毒。
豬舍的預防消毒
在一般情況下，豬舍應每年進行兩次（春秋各一次）預防消毒。在進行豬舍預防消毒的同時，凡是豬停留過的處所都需進行消毒。在采取“全進全出”管理方法的機械化養豬場，應在每次全出后進行消毒。產房的消毒在產仔結束后再進行一次。
豬舍的預防消毒，也可用氣體熏蒸消毒，所用藥品是福爾馬林和高錳酸鉀。方法是按照豬舍面積計算所需用的藥品量。一般每立方米空間，用福爾馬林25毫升，水12.5毫升，高錳酸鉀25克（或以生石灰代替）。計算好用量以后將水與福爾馬林混合。豬舍（或其他畜舍）的室溫不應低于正常的室溫（8～15℃）將畜、禽舍門窗緊閉。其后將高錳酸鉀倒入，用木棒攪拌，經兒秒鐘即見有淺藍色刺激眼鼻的氣體蒸發出來，此時應迅速離開畜禽舍，將門關閉。經過12～24小時后方可將門窗打開通風。
豬舍的臨時消毒和終末消毒
發生各種傳染病而進行臨時消毒及終末消毒時，用來消毒的消毒劑隨疫病的種類不同而異。一般腸道菌、病毒性疾病，可選用5%漂白粉或1%～2%氫氧化鈉熱溶液。但如發生細菌芽孢引起的傳染病（如炭疽、氣腫疽等）時，則需使用10%～20%漂白粉乳、1%～2%氫氧化鈉熱溶液或其他強力消毒劑。在消毒畜禽的同時，在病畜禽舍、隔離舍的出入口處應放置設有消毒液的麻袋片或草墊。