若要將蒼蠅數量控制在較低的水平，需采取持久的衛生措施。對糞便、灑落飼料和濕秸稈每周應該清理兩次，以便打斷蒼蠅的繁殖周期。糞便應該鋪在地上曬干，或倒入糞池當中液化。殺蟲劑施用方法包括有殘留噴灑、無殘留一次性殺滅或稱接觸性殺滅、捕蠅器，以及飼料添加。無論采用哪種殺蟲劑，都要閱讀標簽，按說明操作。
殘留式殺蟲劑（長效）
用藥水對墻壁、頂棚、欄桿以及其它蒼蠅會停留的地方進行徹底噴灑，要噴到藥水可以在噴灑表面流動的程度。為了把抗藥性降到最低，確保滅蠅成功，不應在整個季節內重復使用有效成分相同或相近的殺蟲劑（尤其是合成菊酯）。
噴灑時注意不要污染食物、飲水或器具。不要直接對著動物噴灑。噴灑二嗪磷或倍硫磷時應將圈中豬只轉出。一升藥液噴灑12～25平米的表面，具體用量視表面情況而定。向墻壁、頂棚以及其它蒼蠅停留的地方噴灑。合成菊酯類殺蟲劑和有機磷殺蟲劑之間應該交替使用。上述殘留式殺蟲劑的藥效可持續1～7周。
無殘留接觸式一次性殺滅（短效）
接觸式一次性噴霧殺滅可迅速殺滅現有的蒼蠅，但持續藥效較短。必要情況下需重復采用。注意不要污染飼料和飲水。噴霧時不必將豬轉出圈舍，但不要直接對著豬體噴霧。為了把抗藥性降到最低，確保滅蠅成功，不應在整個季節內重復使用有效成分相同或相近的殺蟲劑（尤其是合成菊酯）。應交替采用合成菊酯類殺蟲劑（百滅寧、除蟲菊酯）和有機磷殺蟲劑（二溴磷、敵敵畏）。
捕蠅器
用裝有誘餌的捕蠅器可殺滅大量蒼蠅，但捕蠅器不會顯著減少蒼蠅的總數。另外，也沒有辦法通過這種方式清除蒼蠅繁殖區的蒼蠅。電擊式捕蠅器可以減少附近圈舍的蒼蠅數量。
蒼蠅誘餌
可在舍內蒼蠅聚集的位置分散布置，作為減少蒼蠅數量的臨時措施。一定注意誘餌不要放在家畜可能吃到的地方。可將誘餌放在窗臺或門口等蒼蠅聚集的地方。僅靠誘餌無法有效控制蒼蠅數量，需與殺蟲劑以及其它衛生措施相結合才可以（例如殘留式噴霧或接觸式噴霧）。