有機物的存在可以干擾消毒劑殺滅微生物的作用
當環境中存在畜禽的糞、尿、血、炎性滲出物、體表脫落物，以及飼料殘渣、鼠糞、污水或其他污物時，這些有機物中藏匿著大量病原微生物，會消耗或中和消毒劑的有效成分，嚴重降低消毒劑對病原微生物的作用濃度，使消毒作用減弱。
另一方面，受微生物嚴重污染的物品和場地，能阻礙消毒劑直接與病原微生物接觸，而影響消毒劑效力的發揮。
因此，徹底的清掃是有效消毒的前提，在使用消毒劑之前，應先對需要消毒的環境或物品進行整理、清掃和清潔，清除物品表面的灰塵和覆蓋物等有機物，盡量減少影響消毒效果的因素，利于消毒劑充分發揮作用。
各種消毒劑受有機物影響程度也有所不同，氯制劑消毒效果降低幅度大，季銨鹽類、過氧化物類等消毒作用降低明顯，戊二醛類及碘伏類消毒劑受有機物影響較小。
對于痰液、糞便、畜禽圈舍的消毒應選用受有機物影響較小的消毒劑，同時應適當提高消毒劑的濃度，延長消毒時間，方可達到良好的消毒效果。