空氣消毒是作為不同批次間或全群轉出之后的消毒程序當中的最后一步實施的。通常在主要消毒過程完畢、各種可移動設備以及墊料轉進豬舍之后進行。其目的有三：
控制可移動設備和墊料所引進的病原污染。
用來對常規消毒無法涉及的部位進行消毒，這些部位可能處于特殊的位置，或離電力 設備太近，無法進行常規消毒。
有助于減少前面過程產生的塵埃。
需要強調的是，空氣消毒是整個消毒程序中的一部分，不能取代常規消毒。
其次：
當豬舍里面還畜有豬只的時候，就只能進行空氣消毒。帶豬消毒目的有三：
抑制空氣當中病原的傳播。
降低塵埃的水平。
抑制空氣中的內毒素（特定的細菌產生的毒素，可黏附在塵埃顆粒上，－ 這種毒素對 豬群的健康和生產能力有明顯的影響）對豬只造成的影響。
空氣消毒作為用途，可每天進行，甚至更頻繁，能夠取得很好的效果。
從Poul Baekbo 1998年在國際豬病獸醫學會上發表的文章（1998年國際豬病獸醫學會會議報告）可以看出，豬舍帶豬空氣消毒可起到明顯的效果。他的研究結果顯示，塵埃顆粒上的內毒素與豬群的呼吸道疾病有關。在存在塵埃的環境中，豬只接觸到更小劑量的病原即可導致臨床肺炎。這種情況下進行空氣消毒，既可殺滅病原，又可減少塵埃，可有效控制豬群的臨床肺炎發病率，－ 尤其是存在肺炎問題的豬場。
怎樣進行空氣消毒？
有四種方法可以把消毒劑變成懸浮微粒懸浮在豬舍內的空氣中。
噴霧器噴霧 - 用噴霧器或高壓清洗機 進行噴霧。這種方式產生的懸浮顆粒較大，噴濕能力較高，但在空氣中懸停的 時間較短。
霧化機噴霧- （亦稱為冷霧）通過機械霧化機實現 （例如Stihl & Curtis Dyna-Fog有限公司生產的霧化機）。這種方式產生的霧滴較小， 噴霧更均勻，穿透力更強。
熏蒸 - 將兩種化學物質混合在一起，產生一種 汽霧裝的消毒劑。這種方式實際上僅限于甲醛及相關產品。
熱霧噴霧 - 與霧化機噴霧類似，但需要將消毒劑加熱以便 形成更小的蒸汽霧滴。這種霧滴非常小，懸停時間最長，穿透能力最強。
應該采用什么消毒劑？
可供選用的不同消毒劑產品：
甲醛 - 用來進行熏蒸。理論上也可用于其它三種方法。價格低廉，并且非常有效。但缺點是會對人、畜健康構成威脅（會對人的皮膚和粘膜產生刺激，造成呼吸問題、哮喘、過敏，且有致癌作用）。墻壁上的殘留可保持數天時間。傷害作用具有累加性。從現代的健康和安全角度來看，這種方法值得商榷。這種方法顯然不能用于帶豬消毒。
戊二醛 - 其效果和副作用與甲醛相似。唯一的區別是，這種消毒劑沒有刺激性氣味，這一點使它比甲醛更危險。
戊二醛－季氨混合物 - 這種消毒劑效果比單用戊二醛差，單仍有很高的毒性。效果不是很好，又不是很安全，所以很少用。
Virkon S - 這是一種增效過氧化劑溶液。試驗證實，這種消毒劑對豬的各種病原具有廣泛的殺滅效果。而且對人、畜來說，這種消毒劑都沒有任何危害。因此，這種消毒劑既可用于消毒程序中最后的空氣消毒，也可用于帶豬消毒。
英國農林漁業部（MAFF）認證的功效表
下表顯示MAFF對三種消毒劑所做的功效評價結果。從該表可以看出，Virkon－S的功效最強。
哪種方法最好？
這個問題的答案因具體情況而異。各種方式都有其使用的情景。
噴霧適用于較效的房間或畜舍，以及灰塵問題嚴重的畜舍。 可帶豬進行。
汽霧更適用于寬大、較高的豬舍。霧滴較小，懸停時間長。 這種方法也適于帶豬消毒。
熏蒸 只能用于空舍消毒。價格低廉，消毒徹底。主要的缺 點是所用消毒劑會對健康構成明顯威脅（例如：甲醛）。
熱霧對非常大的畜舍來說，這種方法非常有效。均勻性非常好。 但設備會產生較強的噪音，對豬群造成應激。這種方法在家禽業中得到了廣泛的應用。