石灰價格低廉，且無不良氣味，是最佳的消毒藥物。但有不少養豬戶因使用方法不當造成消毒效果不佳，甚至給豬群帶來人為的損傷，主要表現在以下幾個方面：
大量購進，多次使用：生石灰只有遇水后生成帶有氫氧根離子的熟石灰才具有消毒功能。如果熟石灰放置時間過長、就會與空氣中的二氧化碳發生化學反應，生成沒有氫氧根離子的碳酸鈣，從而完全喪失消毒作用。因此，用石灰作消毒藥物時應現買現用。
在廄舍入口處撒一層熟石灰：養豬戶認為進出人員踩踏后會起到一定的消毒作用，但撒上的熟石灰長時間不更換就形同虛設。正確的方法是在廄舍入口處設消毒室和消毒池，池內投放一定濃度的消毒藥，并經常更換。另外，進出廄舍人員的鞋、衣服以及使用的工具也要經常消毒。
在廄舍地面上撒一層熟石灰粉：此舉易將豬的胯、蹄及皮膚（躺臥時）灼傷，有時還會使豬因吃落在地上沾有熟石灰的飼料而被灼傷口腔及消化道。另外，在撒石灰粉時大量飛揚，易被豬吸入呼吸道內，引起咳嗽、打噴嚏等癥狀，人為地使豬感染呼吸道炎癥。正確的方法是豬出欄后把廄舍的墻壁和地面沖刷、清掃干凈，用新購的生石灰加水配成20%的石灰乳把墻涂刷一遍，特別是墻角、縫隙等一定要涂刷到，不留死角。