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近年來，我國的畜牧業取得了巨大的發展，規模化養殖場越來越多，在滿足了人們對肉、蛋、奶等食品需求的同時，也對周圍環境造成了日漸嚴重的污染，并且隨著人們環保意識的增強，此問題越發顯得突出。因此，采取適當的措施，減少畜禽養殖造成的污染已迫在眉睫。
畜禽生產造成環境污染的因素
惡臭氣味
畜禽生產中的惡臭主要來自糞便、飼料發酵和家畜呼吸等，臭氣的主要化合物有二氧化碳、氨、硫化氫、甲烷、吲哚、糞臭素(甲基吲哚)以及脂肪族的醛類、硫醇、胺類等。應當指出的是，牛、羊等反芻動物不僅產生大量糞便，而且還產生大量的甲烷等氣體污染大氣。科學研究和生產實踐均已證明，臭氣中的氨氣、硫化氫和甲烷等，濃度低時可降低畜禽的生產性能，濃度高時可使幼畜中毒死亡，使養殖工作人員健康受損，易患呼吸道疾病。如果糞便排出后不能及時處理會使臭味增加，危害人畜的健康。
氮磷排泄
畜禽糞便中含有大量的氮和磷的化合物，比如，肉子雞糞便中含食入氮的50%、食入磷的55%；生長豬排出食入氮磷的80%~85%。這不僅造成營養物質的浪費，降低了飼養者的生產效益，而且也給環境造成很大危害。
生物性污染
畜禽疾病種類很多，危害嚴重的主要有傳染病、寄生蟲病、營養代謝病和中毒四大類。患傳染病、寄生蟲病、中毒病畜禽的肉人不能吃。人畜共患疾病，如布魯氏桿菌病、結核病等，不少人患病就是由于接觸牛羊及其排泄物，食用其肉奶所致。對營養代謝病也要注意，如脂肪肝雞肉的膽固醇含量很高，豬黃脂（膘）病肉質很差，酮病牛所產的奶對人的健康有害。
化學性污染
獸藥是畜產品中最常見和最重要的污染源。這里主要介紹抗生素和激素生長促進劑引起的污染。
抗生素的安全性、耐藥性以及在畜產品中殘留對人類健康的影響是近年來人們關注的焦點。某些藥物對人體具有“三致”毒性作用(如氯霉素磺胺類等)和過敏反應(如青霉素類、四環素類、磺胺類等)。抗生素的殘留不僅影響畜產品的質量和風味，也被認為是動物細菌耐藥性向人類傳遞的重要途徑。而目前，在實際生產中不按規定劑量、范圍、配伍和停藥期使用抗生素的現象仍然存在。
早年批準在肉牛和水生動物中使用的性激素類促生長劑(如睪酮、孕酮、雌二醇、玉米赤霉醇等)和甲狀腺類激素(如T3、T4、碘化酪蛋白)因易在畜產品中殘留而危害人類健康，已被各國禁用。
其他礦物質元素污染
畜禽飼料中大量添加銅、鋅、鐵等礦物質元素，不但直接影響動物健康和畜產品的食用安全，大量排出體外還導致環境污染，破壞土壤質地和微生物結構，影響作物產量和養分含量。
污水對環境的污染
現在，以規模化豬場和奶牛場產生的污水數量最多。據統計，規模化養豬場每生產一頭肥豬約產生4噸污水，一個年出欄一萬頭的肥豬生產線，每天清潔地面、沖洗糞溝及豬飲水時浪費而產生的污水總量為100立方米~150立方米，COD平均為1500毫克/升，BOD5每升達1200毫克~1300毫克，總氮量接近1100毫克/升，總磷量約為440毫克/升；豬場污水中可檢測出的病菌主要有：致病性腸桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、沙門桿菌、結核菌、布氏桿菌和豬丹毒等。