發酵床圈舍到底可否消毒，一直是養殖戶體貼的問題。各人會天然地認為，消毒會殺滅發酵功效菌，以是發酵床圈舍不能消毒。在大部門發酵床技能資料中也都提到甚至夸大發酵床墊料上不能消毒。可是，按照北京永世佳業科技有限公司的康信干撒式發酵床養豬養雞技能應用幾年的實踐成果來看，這種設法不切合現實環境。也就是說，在發酵床上，出格是在康信干撒式發酵床上，消毒完全可以做，不會影響發酵床的發酵功效。
之以是一般的消毒對發酵沒有明明的影響，是由于消毒藥的劑量相對于墊料數目太小，并且墊料自己具有強盛的吸附感化，使得消毒藥不易擴散和滲出。墊料的化學感化和發酵歷程的生物化學感化對消毒劑有較快的降解效果。發酵床豬舍內沒有須要消毒。由于在發酵床墊料上，發酵功效菌占絕對上風，險些沒有病原微生物的保存空間。就是說，發酵床自身有消毒感化。
對于發酵床豢養的育肥豬，消毒的首要目的是防止豬瘟、口蹄疫、豬流感和風行性腹瀉等感染性和致病性都較強的疫病傳入，而對于前提性病原微生物的消殺不很須要。
豬場消毒的重點在與外界打仗的環節上，如進出的職員、車輛以及大門口等。靠消毒藥來節制病原體在一個圈舍內的流傳險些是徒勞的。
在周圍有疫情威脅時應增強消毒，但在沒有疫情威脅的絕大部門時間里沒有須要頻仍消毒。