“黑殼病”的治療，應當從促進“黑殼蝦”盡快蛻殼，加強蝦池的水體消毒和底質改良著手。具體方法是：
1、首先要對“黑殼蝦”進行顯微鏡檢查，看有沒有纖毛蟲寄生。若纖毛蟲達到了一定數量，要先用“纖蟲必殺”或“蝦蟹蟲絕”和水全池潑灑，殺滅寄生在蝦體上的纖毛蟲。一般每次外用“纖蟲必殺”400g/667平方米?m，或外用“蝦蟹蟲絕”200～250g/667平方米?m，具體的用藥量要隨天氣的變化、水溫的高低等靈活掌握，特別是高溫時節，“纖蟲必殺”或“蝦蟹蟲絕”的用量一定要大幅減量。殺蟲藥要盡量選擇在晴天使用，由于發生“黑殼病”的蝦池水質較為濃濁，一般用藥后的當日夜晚或次日夜晚蝦池有可能出現一定程度的蝦浮頭現象，因此用藥后要注意觀察，一旦發現異常，要及時加注新水、開增氧機，以免造成損失。在殺蟲藥使用48h后，需換水0.3m(換水時一定要先排后進，一邊排水一邊注水效果較差)，以及時消除殺蟲劑的毒副作用，同時大幅度降低蝦池中有機質含量及各種懸浮物顆粒的含量，排出過多而老化的浮游生物。殺滅寄生在蝦體上的纖毛蟲，并及時更換新水，能促進“黑殼蝦”的順利蛻殼。
2、使用殺蟲劑并套換部分池水后，接著外用“菌毒絕殺”和水全池潑灑消毒。“菌毒絕殺”的用量一般每次用200～250g/667平方米?m，具體的用藥量要隨天氣的變化、水溫的高低等靈活掌握，用藥48h后換水0.3m左右。接著再外用“菌毒絕殺”一次，隔48h后再換水0.3m(換水可消除“菌毒絕殺”的毒副作用，大幅度降低蝦池中有機質含量及各種懸浮顆粒的含量，排出過多而老化的浮游生物)。“菌毒絕殺”是含氯類穩定的強氧化劑，具有殺菌力強、作用持久的特點，并能大幅度地氧化降解池水中及池底部亞硝酸鹽、硫化氫等有害物質的含量，因而能使“黑殼蝦”體殼黑色變淡，并能使得“黑殼蝦”蛻殼后不再重新變黑。根據筆者的門診實踐，一般外用1次“纖蟲必殺”或“蝦蟹蟲絕”，連用2次“菌毒絕殺”后，結合蝦池用藥后的換水處理，“黑殼蝦”即能順利蛻殼且不再重新變黑。再看此時的蝦池水，已由原先的濃濁老化變得肥嫩而十分清爽，透明度大大提高，表層的藍綠藻“水花”及浮膜已不復存在，真正達到了“肥而爽”的水質要求。對于沒有纖毛蟲寄生的蝦池，可直接連用2次“菌毒絕殺”并結合蝦池的換水處理，能達到同樣的治療效果。一般7、8月份高溫季節，治愈“黑殼蝦”需時7d左右;9月份以后隨著水溫漸低，一般需時10d左右。只用藥不換水的蝦池，用藥效果相對要差很多。