冬棚蝦的養殖方法，一般是11月中旬開始進行，大多蝦農先在池塘內搭好木架，后肥水投苗，待天氣轉冷時再蓋上薄膜，現在我們要考慮的兩個方面的問題就是：一是投苗前的肥水育藻是在露天進行的，用什么肥育什么藻？如何養藻？二是天氣轉冷，蓋上薄膜后，用什么來穩水養藻？！
第一方面我們首先要解決的是用什么肥育什么藻，如何養藻的問題，這里有兩點，一是用什么方法來培養起藻相問題；二是養什么樣的藻類，也就是說池塘以培養什么樣的藻類為種群優勢才能夠更好的保證池塘水體生態環境的穩定性，以適合對蝦的生長，提高水體緩沖力，減少應激源的產生。在一般情況下的白對蝦養殖中，首次肥塘我們通常會用肥水產品來肥起水色，然后通過追肥來穩定水色。但冬棚養殖的水溫總體上是偏低的，養殖前期（南方11月中旬~12月中旬）露天多為早晚溫差大的情況，如為晴天，白天光照的強度是不夠的，光能不足，如為陰雨天，藻類的生長更困難，一般水體是比較瘦的，水溫低對泥底池塘來說往往是上層水溫較低下層水溫較高的情況（高位池塘也如此，但上下層水溫差養殖前期還不太明顯），所以藻類的生長空間總體上是往下沉的，處在光源可以到達的深度階層（水面以下約40-60公分）生長，這樣，藻類的生長就會受到水溫和光照的抑制而處于緩慢裂殖生長狀態，所以從營養的供給上講，藻類的生長并不需要大量的外源性營養肥，而是需要持續可控的、可直接吸收利用的營養源即可！這樣說來，以肥養藻為主實際上起的作用并不大，通過不斷施肥來穩水養藻，也只能是浪費多吸收利用少，同時施肥過多也會造成水體更大的污染，需要更多的有益菌、氧源和能量來維持分解轉化，這樣只會加大水體的生物耗氧量和管理難度。所以，養殖前期肥水育藻，我們主張以具有營養功能的復合發酵菌+有機碳源為主：
一方面可迅速為水體補充高活性營養成分如高活性復合氨基酸、能量果酸、聚合多糖、B類維生素、微量元素、黃腐酸、鈣、鉀、鎂中量元素等，以為藻類的生長直接吸收利用，在光照和水溫較弱的情況下得以持續生長；
另一方面可通過有益菌對池塘水體中下層的有機物（尤其是泥塘池塘）的分解轉化。為藻類的生長持續提供營養鹽。具體的做法就是用酵素菌+有機碳源浸泡一晚后隔天潑灑一次，連續潑灑兩次后，投苗前2小時用能量果酸+無機營養鈣劑潑一次就可直接投苗，投苗后第二天開始用酵素菌拌開口料或蝦片潑灑，每天一次，連續潑灑6-7次，這樣水色就越來越穩定，同時幼苗教料也快，6-7天即可上料臺食料。
至于說到要培什么樣的藻類的問題，雖然冬棚養殖過程由于水溫和光照的限制，藍藻微囊藻、甲藻、裸甲藻類不會輕易大量繁殖生長，但我們認為在營養供給上還是培養以綠藻、硅藻共生的黃綠色水體為好，雖然總體上達不到黃綠色的狀態，但至少總體藻類的逆抗性較強，水體的緩沖性較穩定，這在營養供給上我們要注意補充水體中的硅元素，調節水體的氮磷比和碳氮比。
第二方面：天氣轉冷蓋上冬棚薄膜后，雖然影響藻類生長的溫度因素解決了，但光照條件卻更差了，那么主要想通過養好藻相來穩水顯然是不可能的了，如何穩水養藻？冬棚養殖中后期水體一般都易出現比較渾濁的情況或反底情況（打增氧機后水體渾濁），就是因為藻類的光合能力不足，導致水體溶解氧偏低，死藻、池底有機物過多引起的。所以，蓋上薄膜后，冬棚養蝦的穩水養藻只能通過“以菌養藻”的方式進行，才能更好地維持水體的穩定性；而且蓋上薄膜后，由于水溫已達到適合微生物和對蝦生長的條件，此時微生物較易繁殖起來，如果沒有通過補償外源性的有益菌來確保水體有益微生物的種群優勢，那么，在低氧情況下，有害菌就會通過競爭性繁殖成為種群優勢，水體就會向壞的方向轉化，這樣對蝦就會易出現感染性病害或厭食減料、生長緩慢的情況。這就有一個問題：用什么樣的有益菌來達到“以菌養藻”同時又能夠建立有益菌的種群優勢，達到“以菌抑菌”的目的？！毫無疑問，我們給出的答案就是酵素菌！
在這里，我們先看看能夠建立種群優勢的有益微生物的條件。
a、必須是復合型的一類有益菌群如酵母菌群、乳酸菌群、EM菌群等；
b、有益微生物多為厭氣性或兼氣性有益菌群，不單是分解型的耗氧菌群；如在冬棚養殖期間主要用清水型的好氣性復合芽孢桿菌是構建不到有益微生物的種群優勢的，反而更易引起水變。
c、必須具有產酶的功能；只有具有產酶功能的有益細菌才能有效控制有害細菌的繁殖生長
d、必須具有發酵性營養源（維生素、氨基酸、微量元素等）和有機碳源的補充，也就是用具有發酵營養功能的微生物制劑+外源補充性碳源才能夠更好地促進有益微生物繁殖為種群優勢。而要構建好池塘水體有益微生物的屏障，必須使用具有強大酶解功能的酵素菌才能得以有效時行，這就是我們前面提到的用酵素菌+碳源能有效穩定菌藻相的原理所在。
總結以上，冬棚養殖，由于受到水溫和光照條件的限制，藻類的生長比較緩慢，對水體生產力的提高作用較慢，所以主要通過施加有機肥為主來肥水養藻起的作用不大，以酶解性復合有益微生物制劑酵素菌+有機碳源來穩水養藻才是有效的方法和根本保證。