仔豬腹瀉長期困擾著養豬生產者，也是引起仔豬死亡的重要原因之一。據調查：仔豬因腹瀉死亡占仔豬死亡總數的39.8%，給養豬業造成嚴重危害。仔豬腹瀉除導致死亡外，還可導致仔豬生長緩慢、生長發育停滯（所謂的僵豬），大大降低養豬場的經濟效益。
仔豬腹瀉的病因
仔豬因腸道內尚未建立穩定的微生態系統，自身的抵抗力較低，對外界刺激敏感，易受各種病原微生物的侵襲和各種應激因素的影響。從病因上來說，可分為傳染病病因和非傳染病病因。一般來說，哺乳仔豬以傳染性腹瀉較為常見，而保育仔豬以日糧抗原過敏、斷奶、飼料突然更換、寒冷、環境應激等非傳染性因素引起的腹瀉為主。這兩類因素間的關系十分密切，既相互影響，又互為因果。在生產實踐中，仔豬腹瀉往往是多種因素相互作用的結果，常呈多重感染或交叉混合感染。
1.1 傳染病病因
1.1.1 細菌
常見引起腹瀉的細菌有大腸桿菌、沙門氏菌、魏氏梭菌。仔豬黃痢、白痢及仔豬水腫病即是由大腸桿菌引起，大腸桿菌有溶血性和非溶血性兩類。仔豬副傷寒也稱豬沙門氏菌病即是由致病性沙門氏菌引起，某些沙門氏菌型能在動物和人類之間交叉感染，是最重要的人畜共患病之一。魏氏梭菌（也稱C型產氣莢膜梭菌）引起仔豬紅痢，即豬梭菌性腸炎。
1.1.2 病毒
豬傳染性胃腸炎（TGE）病毒和輪狀病毒是較常見的引起仔豬腹瀉的病毒。
1.2 非傳染性病因
1.2.1 仔豬消化機能不全
仔豬從吃奶到吃飼料的轉換中，體內各消化酶系統未完全建立起來，造成飼料消化不良，引起腹瀉。
1.2.2 日糧抗原過敏及營養因子缺乏
日糧中某些成份如未經熟化的大豆餅中有胰蛋白酶抑制因子，引起仔豬過敏性腹瀉，營養配比不全面，缺乏某些微量元素及維生素也會引起仔豬腹瀉。
1.2.3 應激
因為人工強制斷奶，離開母豬愛撫，氣溫突然變化，圈舍更換等應激都會引起體內菌群平衡失調，造成腹瀉。